机上燃油系统分为主系统和启动燃油系统。主系统又分左右两分系统，分别向两个发动机供油。燃油箱加注惰性气体，可抑制燃油爆炸，并设有紧急空中放油装置。机上设有主液压系统和刹车液压系统。主系统负责起落架收放、前轮转向，以及起落架舱、弹舱门的开启关闭。通信系统包括通信电台、短波指挥台、超短波指挥台、机内通话器和应急救生电台。机上还安装了空调及除冰系统。
前后气密舱的空调用来自发动机压气机的压缩空气进行增压和加温。为防止机翼前缘、发动机进气道前缘结冰，利用由发动机引出的热空气进行加温。垂尾和平尾前缘及飞行员、领航员前面的玻璃，采用电阻丝加热装置进行加温。电源系统由发动机带动的直流发电机、电池及变流器组成。
轰-6的主要作战武器为多种普通炸弹，下图为轰-6的炸弹舱。舱内正常载重量3000千克。
