与GLOCK类似，瓦尔特P99也采用没有击锤的击针平移式击发系统，但与GLOCK不同的是，瓦尔特P99标准型的击发机构为单/双动式，第一发为双动，扳机扣力为4kg，后续的都为单动，扳机扣力为2kg。而GLOCK的击发机构则是一种独特的半双动式，但如果射击前击针不在待击状态时，并不能像普通双动手枪那样直接扣扳机就能击发，而必须拉动套筒2厘米使击针重新待击才能再射击。而P99的击针不在待击状态时随时扣下扳机都能射击。
然而P99的这种击发机构由于双动时扳机行程过大，是P99遭受诟病的缺点之一。因此瓦尔特公司后来又为P99研制了被称为“快速动作式”（Quick-Action，简称为QA）的击发机构，即类似于GLOCK手枪那样的半双动击发，平常击针处于半待击状态。
P99在待击状态时击针尾部会在套筒后面的凹陷处凸出并显示红色标记，提醒射手手枪已处于待击状态，在夜间射手可以通过触摸套筒尾部而感觉到。
P99设计有手动的待击解脱按钮，聚合物制成的待击解脱按钮位于套筒后部的左上方，右撇子射手用右手拇指按压操作，而左撇子射手的左手食指也很容易够得着。在待击解脱后，如果需要重新待击而又不想使用双动的方式击发，则只要把套筒向后拉动大约9.5mm的距离即可使击针重新待击。
与GLOCK手枪相似，P99手枪也没有外露的手动保险，但内有4个自动保险装置：击针保险、扳机保险、非待击保险和跌落保险。击针保险会卡住击针使其不能击发底火，只有扳机扣到一定距离后才会向上顶起，让路给击针通过；板机保险和GLOCK的扳机保险一样，都是避免击发连杆意外活动，但GLOCK的扳机保险是内藏式的小扳机，而在P99上则是铰接式的扳机，即扳机本身就是保险柄，扣下到一定距离才开始拉动击发连杆；而非待击保险则是在解脱待击时阻挡击针，不让其打击到膛内枪弹的底火；至于跌落保险则是防止武器意外跌落时产生走火。此外待击解脱功能也能起到辅助的保险作用，例如执法人员在枪战过后可以解脱击针的待击状态，即使膛内仍然有弹也能安全可靠地携行。万一遇上突发危机，双动击发功能也让执法人员可以随时开枪。
另外，当膛内有弹时，当膛内有弹时，拉壳钩的后部进入套筒内，在套筒后部露出一个红色亮点而提醒射手，该膛内有弹指示器在夜间可以通过手指触摸而明显感觉到。
P99的底把采用15%的玻璃纤维增强的12号聚合物模压成型，与金属底把相比，优点是容量生产和成本低，而且重量轻，耐腐蚀。有4个导轨分别嵌入底把内两侧作为套筒与底把之间的滑动导向，每侧2个，每个导轨长约12.5mm，高1.25mm。整个底把重仅83g。不同口径型号的底把都是相同的，但底把内的闭锁卡则不能通用。