击发机构
套筒尾部的待击指示
在底把前方有类似USP手枪的附件安装导轨，可方便安装各种战术灯或激光指示器。在右侧附件导轨下面通常有由两个字母所组成的日期代码，表示该底把生产年份的最后两位数字，字母从A至K分别代表0至9，例如一把写着“AE”代码的P99，则表示该枪在2004年生产（AE = 04）。扳机护圈旁边有弹匣卡笋和分解卡笋，分解卡笋在扳机上方，杆式弹匣卡笋在扳机护圈根部。瓦尔特公司还向P99的用户提供延长尺寸的弹匣卡笋，让有需要的射手自己更换到枪上。扳机护圈尺寸较大，戴厚手套也能射击。除挂机柄只方便右手射手外，其他操作部件都适合左、右手射手使用。后来在2004年推出了一种重新设计的P99，改进的板机护圈取消了“圆拱”形线条。重新设计也套筒让射手可以更容易抓紧它，附件导轨也改变了类型，使之与市场上的手枪附件更通用。普通的P99底把都是黑色的，但最近瓦尔特公司推出了一些绿色或沙漠黄的P99底把，采用这些底把的P99被命名为“军用型P99”，当然这个名称只是个商业喙头而矣。
P99手枪采用双排单进的大容量弹匣供弹，弹匣由厚0.8mm的钢板制成，底座为塑料板，弹匣上有观察孔，以便射手能看到余弹数量。其中9×19mm口径型的标准容量为16发，而.40 S&W口径型的弹匣容量为12发。
套筒截面呈梯形，外形与P5手枪相似。外表有华尔特公司特有的“特尼氟”涂层，防腐性能比镀铬好，而且耐磨、耐脏。.40 S&W型的套筒比9×19mm型套筒要大，由于两种手枪都使用相同的力量的复进簧（约50牛顿），因此.40型P99的套筒后坐速度稍慢。另外.40型套筒的前部没有防滑纹，因此在外观上很容易识别一把P99手枪是9×19mm型还是.40 S&W型。抛壳挺的长度是不同的，其中9×19mm型的比较长。另外同型号但不同口径的P99的击针组是相同的，可以互换使用。然而，P99、P990和P99 QA的击针组各不同，即使同口径也不能互换。