1969年的越战美军画像，手上的是M16A1
一般来说，美军装备一支新型步枪总是要经过反复多次，极为慎重的试验与评价的，而M16在试验与评价都不够充分的情况下便装备部队，这就使它先天不足，以致以后屡遭弹劾。
M16全面配发到部队后首次在战斗中登场是在1965年11月越南德浪河谷（Ia Drang）的战斗，而且表现得相当好。哈罗德?G?摩尔（Harold G. Moore）中校（后升为中将）在报告中写道：这次胜利是由“勇敢的士兵和M16带来的”。（题外话：哈罗德?G?摩尔与当时的随军记者约瑟夫?L?盖洛威合写了一本关于德浪河谷战斗的回忆录，书名为《我们曾经是年轻的士兵》，该书在2002年被拍摄成电影《我们曾经是士兵》，由梅尔?吉布森主演。）
但是当M16配发的数量增加时，关于战斗失利的报告也是这样写的。从1966年秋天开始，越南战场上频频传出M16出现故障的消息。在1967年5月，一名海军陆战队员所写的家信中就有这样的内容：
“我今天上船时刚好收到了你的信。从上个月的21号到今天我们都在实施一次行动。目前敌人伤亡很大，而海军陆战队的伤亡比较轻微所以我才能回到基地看报纸。让我给你一些统计数字看看为什么说伤亡轻微。在我们营里失去了接近1400人，有半数的人能回来。我们连里失去了250人，有107人回来。我们排里失去了72人，有19人回来。我想我的运气到头了，他们（死神）最后也会找上我的。可是，我只是被一块小弹片打中了。我希望我的伙伴们都可以说这样的话。
……信不信由你，你知道是什么东西杀了我们大部份的人吗？是我们自己的步枪。在我们离开冲绳岛之前，我们全部都配发了这种新式步枪――M16。实际上我们发现几乎每个人的死的时候都在维修他的步枪――因为他的步枪出故障了。有一位跟我们在一起的女记者拍下了这些照相，五角大楼发现后不让她公开这些照片。他们说不希望会影响到美国公众的情绪。这不是很可笑吗？”
柯尔特公司立即派出几个专家小组奔赴现场，美国参议院武装部队委员会、《美国步枪手》杂志等也派人前往调查、采访。当时M16存在的主要问题有：弹膛污垢严重、卡壳、拉断弹壳、弹匣损坏、枪膛与弹膛锈蚀、缺少擦拭工具，尤其在恶劣条件下，情况更为严重。此时，由凯萨琳?利莱（Catherine Leroy）拍摄的这些照片在巴黎《竞赛》杂志上公开，消息传到国内，一片哗然，批评M16的浪潮此起彼伏，尤其是反对采用小口径的人推波助澜、添油加醋。
这些故障的原因是多方面的，越南气候潮湿，温度高，若不注意擦拭维护，很容易使枪生锈，但将改用步枪弹发射药是主要原因。M16原本所用的M193枪弹原装杜邦公司的IMR4475单基管状药，这种药燃速快、压力曲线升得快、残渣少。不久，杜邦公司通知陆军说他们无法大量生产IMR4475。1964年1月，陆军决定采用奥林公司的WC846双基球形药，他们认为这种发射药易于生产，成本低，而且燃速慢，降低了峰压，有利于提高枪管寿命，而且原本T65枪弹也是使用这种发射药的。但事与愿违，M193弹采用WC846药后便出现了很多问题：球型发射药燃烧后会在M16的枪管和导气管中留下一些粘粘的残渣，由于枪管没有镀铬，而导气系统又没有相应的维护装置和适合的润滑物，因此很难迅速使步枪恢复正常使用状态；由于球型发射药的弹道特性导致导气孔的压力，加上缓冲装置质量很轻，M16的全自动射速从正常状态下的每分钟750-850发大大提到到每分钟850-1000发；另外由于枪机开锁时剩余膛压高，残渣也增加了膛壁与弹壳之间的磨擦力，因此经常出现卡壳和断壳现象；此外，对M16的生产全过程缺乏一个有效的管理体制导致的质量问题也是一个重要原因。除上述原因外，装备M16的部队缺乏必要的训练和指导也导致M16在战斗中出现了很多戏剧性的故障。
针对战斗中表现出来的问题，一个由国会组成的委员会于1967年5月15日开始着手调查，首席代表是密苏里洲的民主党员理查德?伊萨霍特（Richard Ichord）。他在本宁堡和彭德尔顿营进行测试观察M16的故障，并直接专程前往越南评定问题，调查委员会在1967年6月下旬提交报告，陈述“看上去所谓问题重重的M16其实是一支非常优秀的步枪，其在应用中发现的种种问题均由部队内部管理不善所致。”但抽壳困难和射速的问题是由设计的缺陷引起。为了解决设计中的一些问题，M193弹中容易产生残留物的含钙元素的碳酸盐的含量由原来的1%减少到0.25%，这样就使M16导气管的堵塞现象减少了一半，抽壳困难的现象也得到了解决。柯尔特公司也对M16本身进行了改进，例如弹膛镀铬；重新设计缓冲器（即复进簧导管），使射速降低到正常状态；设计一种维护工具以及新的枪托，使清洁工具能贮存于步枪内；膛线缠距由14英寸改为12英寸；严格控制生产工艺，提高产品质量。最后，还制订了一项“应该如何正确地维护M16”的庞大训练计划，并印制了一份连环漫画式的步枪维护手册发给士兵，这项措施是关于操作问题的最终解决方法。在操作性能和生产问题上所作的努力，使得M16/M16A1的运作开始变得相当可靠了。
