第11集 Excelsius Dei 再生
在一座老年公寓，一名护士称遭到看不见的力量袭击，并认定袭击者是一名90岁的老人。Mulder探员和Scully探员前往调查。
第12集 Aubrey 剃刀疑案
一个探长发现了一具前FBI特工的尸体，而该特工是在1940年代调查一件谋杀案时失踪的。而那件老谋杀案同探长手头的一件凶杀案非常相似。Mulder探员和Scully探员认为老谋杀案的凶手把暴力基因遗传给了他的后代，而后者则犯下了新谋杀案。
第13集 Irresistible 无法抗拒
一个在太平间工作的工人有着特殊的嗜好，即搜集死人的头发和指甲。为了扩大他的藏品数量，他开始谋杀，并把他的下一个目标转向Scully探员。
第14集 Die Hand Die Verletzt 魔法学校
在一个小城，一个少年被谋杀了，而谋杀过程像一个仪式。Mulder探员和Scully探员发现，当地学校的家长教师协会举行一种秘密仪式，而一个代课教师拥有神奇的能量。
第15集 Fresh Bones 复仇
在一个海地难民营，几个难民神秘死去。Mulder探员和Scully探员发现，这是难民营首领同一个巫师之间秘密战争的结果。
第16集 Colony 殖民地球（上）
Mulder探员收到一封电子邮件，信中包括三个完全相同的人的讣告。正在此时，一个CIA特工通知Mulder探员和Scully探员，一个俄罗斯杀手已经潜入美国境内的医疗机构，目的是为了除掉冷战时期潜伏在美国的俄罗斯克隆人。
第17集 End Game 殖民地球（下）
一个来自外星的职业捕手绑架了Scully探员，用她来交换Mulder探员在幼年时期被绑架的妹妹Samantha。交易失败后，Mulder探员跟踪这个外星人到了它掩埋在北极冰雪下的太空船中，逼问关于Samantha的真相。他惊悉，Samantha原来是个克隆人。
第18集 Fearful Symmetry 恐怖对称
在一个UFO经常出没的地区，动物园中发生了看不见的动物攻击事件。Mulder探员和Scully探员奉命去调查这桩奇案。
第19集 Dod Kalm 幽灵船
一艘美国海军船只失事，舰上只有一半成员成功逃生。18个小时当他们被救援人员发现时，他们看上去比事发前至少苍老60岁。Mulder探员认为，该舰进入了未知的时空，因而加速了他们的老化。
第20集 Humbug 欺骗
佛罗里达州的Gibsonton 城充斥了马戏团和杂耍艺人。一个以鳄鱼表演为生，名叫Jerald Glazebrook 的人被谋杀了。Mulder探员和Scully探员在调查这宗谋杀案时，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括当地的警长。
第21集 The Calusari 驱魔人
一个少年神秘死亡。Mulder探员和Scully探员介入调查。他们发现了一种与死者有关，源自罗马尼亚的的驱魔仪式。驱魔人告诉他们，死者被其未出生的孪生兄弟附身。
第22集 F. Emasculata 解剖
在一座警备森严的监狱，一种瘟疫一样的疾病开始流行，造成10人死亡。Scully探员想深入虎穴，摸清疾病的源头。而Mulder探员则连同联邦司法官员一起追踪两名可能已经感染该疾病的越狱者。
第23集 Soft Light 柔光
一项关于暗物质的试验造成了惊人的后果－该试验可以把人的影子转化为一种致命武器，任何接触到这种武器的人都会被转化成能量。
第24集 Our Town 我们的城市
一个小城发生了数起失踪案。Mulder探员和Scully探员在该城一条小河里发现了数以百计的人骨。该城最富有的人拥有一座鸡肉加工厂。此人找到了一种吃人肉而延长寿命的办法。
第25集 Anasazi 外星档案
Mulder探员意外获得了一些关于地外生命的原始*资料。但他的敌人却想让他看到，发现真相是要付出沉重的代价的。
