X档案分集剧情介绍：大结局
X档案第一季结束时，线人深喉被杀，X档案被FBI联邦调查局终止。Mulder探员和Scully探员被分派不同的工作，看起来调查无法再继续下去了。但Mulder探员一直在关注X档案，并时不时找到Scully探员帮忙。然而，Scully探员却被外星人绑架。在 Mulder探员不断地调查中，Scully探员又被神奇地送回一家医院。第二季结束时，Mulder探员的父亲被神秘谋杀，他不得不赶到千里以外的新墨西哥州调查取证。
第1集 Little Green Men 绿色小人
X档案的调查被终止后，Scully探员回到调查局学院当讲师，而Mulder探员成为安全保卫人员。一位美国参议员Matheson在X档案问题上却支持Mulder探员。在他支持下， Mulder探员私自前往波多黎各。当地一所被废弃很久的地外生命研究所所属的基地莫名其妙的自我激活。
第2集 The Host 下水道惊魂
一具无名尸被海水冲进新泽西的下水管道里。Mulder探员的上司Skinner派遣他去调查这件案子。Mulder探员认为这件案子毫无意义，只是体力劳动而已。Skinner一定是在惩罚他不守纪律。但Skinner却认为，这个案件是一个真正的X案件。
第3集 Blood 恐惧
一个农牧业小城发生一连串的暴力谋杀案件，奇怪的是当地的很多电子设备也同时遭到破坏。Mulder探员认为有人通过电子设备影响人的潜意识，驱动他们去杀人。
第4集 Sleepless 无眠夜
Mulder探员很不情愿的接受了一个新的搭档，探员Alex Krycek。他们开始调查一些绿色贝雷帽部队战士在接受睡眠剥夺试验后纷纷死去的案件。
第5集 Duane Barry 奇异接触（上）
FBI前探员Duane Barry声称自己曾被外星人绑架，因此丢掉了工作。一股神秘力量吸引他回到当年的绑架地点，并带去一个替换他的人质。这个替换他的人质，就是Scully探员。
第6集 Ascension 奇异接触（下）
Mulder探员得知Duane Barry绑架了Scully探员之后，不顾一切开始寻找她。他的新搭档Krycek探员把这一切报告了癌人。
第7集 3 三位一体
Mulder探员正式回到了X档案的调查中，但却头一次单枪匹马。他开始调查洛杉矶发生的一系列吸血鬼杀人案，但却不由自主地受到首要女嫌疑的吸引。
第8集 One Breath 复活
Scully探员神秘地出现在一家华盛顿的医院里，但却陷入深度昏迷中。Mulder探员想尽一切办法维持她的生命，而Scully探员则面临着活下去还是到另一个世界去的抉择。
第9集 Firewalker 火行者
Mulder探员和Scully探员终于再次联手出击了。他们来到一座活火山，在那里发现了一种致命的生命。这种生命可以在岩浆中存活，为了避免被人类发现，它们甚至开始杀戮前往调查的科学家们。
第10集 Red Museum 红色博物馆
为了调查几宗少年绑架案同一个乡间教派的联系，Mulder探员和Scully探员发现了一个秘密试验计划。在该计划当中，第一季中“纯度控制”试验产生的外星人DNA被用于儿童试验。同时，Mulder探员终于找到了谋杀深喉的人。