第43集 故乡被灭！地狱使者丧尸撒旦兽
众人赶到火焰村，目睹旁边的森林被扫描而愤怒不已。在听了数码兽们的指责后，拓也等人决心一定要守护这个村。不久，两只丧尸撒旦兽来到这里打算扫描火焰村，拓也和辉二进化打败它们。但没想到又出现了一只丧尸撒旦兽，敌人靠三打二占据了优势并得知了资料的位置。该村的居民数码兽终于忍不住而团结起来攻击丧尸撒旦兽，保护了资料，拓也和辉二趁机奋力全歼丧尸撒旦兽。正当大家高兴时，领主骑士兽突然出现并轻松地夺走了火焰村的资料，离开了……
第44集 共同战斗！矿石兽和辉二的誓盟
众人及时赶到救下被皇家骑士的手下骑士兽攻击的矿石兽，但该地区的资料还是被领主骑士兽吸收。听皇家骑士说还有三个区域——森林之国、冰雪之国和光明之国，众人于是立即赶往森林之国。矿石兽非要跟着去，要帮助大家。辉二了解它的性格，于是答应带他们去。在森林之国，皇家骑士带着大批骑士兽进攻塞拉菲兽的宫殿，但是却突破不了防护罩，于是皇家骑士去找其他突破口，留下骑士兽看守宫殿入口。众人也兵分两路，由辉二和矿石兽对付骑士兽，拓也等人去追皇家骑士。拓也等人突然听到召唤，进入了宫殿，发现了该区域的资料。此时防护罩被突破，而拓也等人则发现是已死的巫术兽召唤他们并保护他们。另一方面，骑士兽可以使自己破碎的身体重新组合，使马格纳伽鲁鲁兽和矿石兽陷入苦战，而领主骑士兽更返回并打败马格纳伽鲁鲁兽。矿石兽为自己无法帮忙而自责，进化成完全体陨石兽来帮忙，但还是被领主骑士兽打退化。另一方面，凯撒暴龙兽与丢纳斯兽战斗，却不慎被其夺走数据，于是皇家骑士撤退。矿石兽为了不成为累赘，决定离开众人的队伍。
第45集 扰乱资料战术！守卫秋叶市场
众人先行到达包括秋叶市场的冰雪之国作战斗准备并送走这里的数码兽。但塞皮库兽从它的回力镖发现有许多数码兽在皇家骑士前来的路上阻挡它们。于是拓也和辉二立即进化冲去战场，而其他人则在做好的雪球发射器准备好援护拓也和辉二。实力相当强劲的数码兽们都完全不是皇家骑士的对手，纷纷被打败。拓也和辉二在众人的援护下跟皇家骑士展开激战。战斗中众人不慎遭到攻击，辉一再次为只有自己没受伤而疑惑，领主骑士兽就说他只有灵魂没有肉体。此时，凯撒暴龙兽在与丢纳斯兽的战斗中占上风，领主骑士兽只好前去帮忙。就在拓也和辉二就快打败皇家骑士时，丢纳斯兽把打散的资料重组好，吸收了数据并与领主骑士兽撤退。
第46集 数码世界被灭！？光明兽暗黑支配
众人来到最后的区域——奥法尼兽的宫殿，并见到守护该宫殿的尼菲迪兽。宫殿里有无数的藏书，为了在皇家骑士之前找到钥匙，大家分头去翻书，度过了最后一个安宁的晚上，而辉二发现辉一总是精神恍惚的样子……到了第二天，众人仍一无所获，而皇家骑士也在此时赶到，并说出尼菲迪兽就是钥匙。拓也和辉二进化与皇家骑士死斗，不分胜负。正在打得最激烈时，光明兽突然发出光芒使拓也和辉二倒下，而皇家骑士也成功吸收了最后一块区域的资料。光明兽复活，数码世界消灭！？当光明兽出现在大家面前时，大家都很吃惊。光明兽竟然是一个天使型的可爱小孩。光明兽要对众人赶尽杀绝，幸好运输兽及时出现将众人送到了月亮。
