第47集 皇家骑士飞散
大家来到了金黄色的月亮上，为数码世界的完全消灭而沮丧。这时，大家发现原来运输兽们把数码蛋运到了月球上，并且另外两个三大天使也重生了。于是大家再次振作起来决心打败光明兽夺回数码世界。这时，光明兽以杀死孩子们作为赐给通往人类世界的钥匙的最后条件，让皇家骑士到月球上去。凯撒暴龙兽与马格纳伽鲁鲁兽与皇家骑士进行决战，终于打败了皇家骑士。正当两兽准备扫描皇家骑士时，光明兽出现并扫描了皇家骑士，并且进化成为堕落形态。在堕落形态极为恐怖的攻击下，拓也和辉二被轻易打败，而金黄色的月亮也随之毁灭。
第48集 光暗一体！辉一最后的愿望
众人在三大天使的成长期的帮助下又集结起来，并商量“光和暗合而为一”的事。此时，他们发现从已毁灭的数码世界处铺出一条通路，而通路的尽头处就是现实世界！为了阻止光明兽到现实世界，大家决定做最后的死斗！但是，光明兽堕落形态的实力惊人的强大，没多久除了辉一外其他人都被打退化了。正当光明兽准备对众人痛下杀手时辉一奋力救出众人，自己却陷入光明兽恐怖的攻击中。辉一指出能使光和暗合而为一的不是光明兽后被攻击打得只剩下灵魂了……他将暗之魂交给辉二对众人表示了感谢，最后，说出自己其实已经死了……光明兽吸收了辉一的资料，愤怒的拓也和辉二将所有的魂都集合起来，“古代魂进化”成为两人合为一体，集合十斗士的魂的力量的须佐之男兽！
第49集 金刚武神兽战斗吧光明兽到达人类世界！
须佐之男兽向光明兽堕落形态发起挑战，但对手真的很强，须佐之男兽处于下风。不过后来拓也和辉二发挥了十斗士之魂的真正力量，破解了光明兽的招式，以天羽斩将光明兽打败，并扫描了它的资料。奇怪的是，居然出现了两个数码蛋，白的那颗漂走后，黑的那颗突然巨大化并变成了一条可怕的黑龙，原来那是光明兽撒旦形态！光明兽撒旦形态立即进入通往现实世界的道路，并且不断向现实世界发出恐吓的信息。众人进化尾随，发现他们到了涉谷的地下运输兽车站。众人为了保护自己的世界和数码世界，用尽全力攻击，却一点效果也没有，反而被光明兽撒旦形态一回头喷出火焰而打中……
第50集 超越时空！新传说开始 （结局）
众人被打回地下车站并退化。拓也打算再进化，被辉二阻止。拓也为自己的力量微弱而难过，此时奇迹出现了，阿古尼兽的魂出现在拓也身后，并帮其将眼前的电梯推倒，然后告诉拓也这就是“我们的力量”。此时，全部的十斗士也出现在大家眼前，三大天使也现身请众人打倒光明兽。于是所有人和十斗士一起古代魂进化成须佐之男兽，将刚冲入现实世界的光明兽拉了回去。此时，须佐之男兽发现了魔龙手里拿着的漆黑一片的大型球状体，于是上前攻击，发现里面有个虫型的生物。这时，魔龙对须佐之男兽展开最强劲的攻击。须佐之男兽拼命冲进球状体里，一拳击中虫型生物，使球状体粉碎，魔龙暴走，而大家也回到了数码世界。须佐之男兽用八雷神和天羽斩终于干掉了魔龙。而此时虫型生物——光明兽的邪恶意志冲向须佐之男兽，被十斗士打死。众人的数码终端器里放出资料，使数码世界完全复原了。此时通道即将关闭，所以大家只好告别十斗士和数码世界了。回到数码世界，众人想起辉一，立即赶往医院。在辉二的呼喊和他拥有奥法尼兽爱之力量的眼泪下，辉一奇迹般地苏醒了过来。拓也过了个开心的生日会，友树、纯平和泉交到了朋友，辉二叫了后妈“妈妈，还和辉一去见了生母。经过了这次冒险，大家都懂得了许多东西。
