8时53分：“正在接近试验深度。” 9时02分“云雀”号询问潜艇的航线。“长尾鲨”号应答正常，航线均无变动。
9时12分：两船进行了例行的通讯核对，
9时13分：“发生小故障，准备上浮。正在向压载水舱供气，请注意。”最后一个完整信号从“长尾鲨”传到了“云雀”。水下电话从来就不太清楚，这最后的信息更加严重失真。海克说是“出现了不大的问题……有浮起角……试图排水”。
9时17分：“……试验深度……”有一种异常声响信号终于传到水面，但由于声音已严重失真，海克船长已无法辨识，但瓦特松确信其中包括有“试验深度”这样的字眼，而且最后的声音曾使他联想到了潜艇的爆炸。这位第二次世界大战期间有在大西洋方面反潜作战经验的副舰长兼航海长断言，是潜艇耐压艇体压坏的声音，因为这声响很像是在战时服役期间他所熟悉的水下爆破声。
随后，联络中断，“云雀”开始搜索。直到10时58分，当海克船长把命令潜艇立即浮起的手榴弹投入水中无效之后，才发报给位于新伦敦的核潜艇舰队司令部。
紧急搜救
接到消息后，美海军当局下令让深潜器“曲斯特”号参加搜索。6月27日，“曲斯特”第3次潜到距海面2560米的海底处搜索时，收集到大量的纸片和碎物。在杂物中搜救人员发现有一只黄颜色的橡胶套鞋，这种套鞋只有在核潜艇的反应堆隔舱工作时才会使用。由于这种套鞋平时锁在一个箱子里，因而决不会自动跑到海里来。搜救人员还发现，用漏模印刷在套鞋上的号码是ssn5……终于使这最后一批证物被确认为是“长尾鲨”的遗物。
就这样，服役不满两年的“长尾鲨”号核潜艇连同129名乘员一起横卧在2560米的海底。这是历史上发生的第一次核潜艇沉没事故。
亡羊补牢
1963年6月，美国海军部长弗·考斯公开了调查委员会有茉“长尾鲨”失事的调查结论：
“机舱内突然地大量进水，被认为是核潜艇‘长尾鲨’号于1963年4月10日沉没在科德角以东200海里处的最为可能的原因。”
“海军深信最可能的原因是‘长尾鲨’的海水系统的某个局部出了毛病，且很可能在机舱范围。潜艇周围的海水在巨大压力作用下涌入舱室时会造成猛烈的水雾。进入舱室的海水使输电网络失效且导致潜艇失去动力。‘长尾鲨’航速下降之后开始下沉，片刻便超越它的临界深度，最后停在2560米的海底上。” “长尾鲨”号沉没之后，美国海军采取了一系列善后措施：
