1937年卢沟桥事变后，南京政府安排将文物转移到后方。这次文物迁运到长沙后又多次转运，宝鸡、汉中，每个地方停留不过月余，最后运到成都，存放于大慈寺，后又转运到峨眉，几乎随时都在搬迁。战乱中路途惊险甚多，而近百万件文物，却毫发无损。
那志良在峨眉一呆就是7年，他在玉器研究方面花了大功夫，潜心钻研，终于成为中国研究古玉器的顶级专家。
1948年底，国民党政府决定将故宫宝物运到台湾，那志良当时提出反对意见，因为在爱国宝如命的他看来，文物多一次搬运，便多一次损失。可是，杭立武解释说文物的迁移是为了安全，南京大战在所难免，文物倘有损失，大家良心上也过不去。
最后负责挑选这批运台文物的是号称“故宫四大金刚”的专家：书法专家庄严、瓷器专家吴玉璋、图书专家梁廷伟以及玉器专家那志良。他们从堆积如山的文物箱中精选出自己眼中的珍品，构成了今日台北“故宫博物院”价值连城的馆藏。据杭立武《中华文物播迁记》一书记载：“南迁书画9000多件，运台5458件，其中就有堪称‘中华第一宝’的书圣王羲之《快雪时晴帖》；南迁铜器2787件，运台2382件，其中就有铭刻字数最多的西周重器毛公鼎。”
迁台文物一共运了3批，那志良负责押运的第二艘船于1949年1月9日到达基隆，先暂存台中糖厂仓库。1950年，在台中雾峰乡北沟租了地，盖库房存放文物，那志良在北沟负责保管文物，一直住到台北故宫新馆落成。
在孤寂的环境里，那志良投入更多的精力去做研究。在玉器制作部分，他撰写的专着、译着及合着，从最早的器物学，到古玉通视，约有34册之多。书中的许多资料他自己亲自去拍摄留存。比如早期的玉作坊，按照传统作法，所做的玉的开、切、剖，包括说凿的照片资料，世界上可查到的非常少，那志良的着作里做了很多注解和注释，中国的古玉因他的研究而留下了很多珍贵的资料。
对文物，那志良始终有一份特殊的亲近和感恩，他说：“从任何方面看，我与文物的关系，至为密切，我半世的精力消耗在文物上；而文物使我增进不少学识，养了我全家。”
从进故宫工作开始与国宝结缘，他一辈子操心的、琢磨的就是怎么善待文物，故宫文物已经成为他生命的一部分。然而，他家中却没有任何文物藏品，“因为人在故宫，一定要避嫌”，他把这称作文物守护者的基本职业素养，甚至他招收弟子的前提也是不准购买古玩。
1978年台湾艺术大学聘请那志良去教授古器物学。一般艺术学校的学生，上课是最散漫的，但是那志良上课不用点名，学生很准时到课。他开的第一门课，是从学术理论、学术角度、创作原理和历史典故来谈中国文物的源流、中国文物的价值，是系里最叫座的一门课。那志良常常与学生聊天，他说，故宫文物是历史的结晶，属于全中国人，海峡两岸的文物总有一天会复合。
