但政府并没有充足的资金拨给，杭立武只好向关务署英籍总税务司借了数十万元。当时的南京城已极其混乱，百姓纷纷逃难，交通工具很难找，从1937年11月20日到12月8日的19天里，杭立武动用了一切力量，分水、陆两条路线抢运。陆路由军委调拨车辆，沿津浦铁路转陇海线到宝鸡，再换装卡车入川。水路方面，国轮都没有了，最后租到一艘英商轮船，决定上溯长江运到汉口再转运四川。
当时，日军的炮火已在南京城门外燃起，英国商船担心遭到日军轰炸，停在南京下关码头不走，无奈之下，杭立武在码头给家里打了个电话，然后攀着水手们抛下的缆绳上船随行，轮船才终于启航。就在第二天，日军对南京发起了总攻，而14571箱故宫文物水陆并进运往了安全的大后方，藏在乐山和峨眉两地。
经过这次惊险的抢运，杭立武对这些用自己生命去保护的文物产生了感情。这种感情驱使着他，在11年之后再次把自己与故宫国宝的命运联系在了一起。
1948年12月21日，海军总司令桂永清派出国民党海军“中鼎号”运输舰秘密驶进南京下关码头，将第一批712箱文物运到了台湾基隆。押运总负责人是李济。文物专家说存放文物之地不能太潮湿，要求干燥，为此杭立武多方查询，了解到基隆多雨，新洲多风，高雄、台南炎热，气候温和又干燥的只有台中。经过考察，最后相中了台中糖厂的仓库。台中市市长陈宗熙是杭立武金陵大学的同学，而台中糖厂厂长于升峰碰巧又是中央博物院筹备处谭旦同的留法同学。有了这些关系，文物顺利迁入台中糖厂的仓库中。
1949年1月6日到1月9日，第二批2646箱文物由招商局的“海沪号”轮船运往基隆。1949年1月30日到2月22日，第三批1248箱文物由“昆仑号”军舰运到了台湾。
海上风雨飘摇，状况甚多，但三批文物都有惊无险地顺利到达台湾，全部运到了台中糖厂仓库，并被严加看守。当地老百姓不知道那个普通仓库里全都是中华民族的稀世珍宝，只是奇怪为什么多了好多兵，还拿着枪。
由于战事紧张，同事们都纷纷撤离，杭立武送走家人后，一个人留在重庆处理事务，期间又碰到一系列紧急事件。原来抗战时，河南博物馆的69箱文物也南迁到了重庆，存放在中央大学柏溪分校的防空洞内。河南省政府主席向杭立武求救，希望他能设法将这批文物迁台。杭立武立刻向上汇报，行政院副院长朱家骅将这副担子交给了杭立武。
当时重庆情形混乱，贮藏文物的防空洞不通公路，交通困难，河南博物馆的人员也不知去向。同事曾问杭立武：“要人还是要古董？”杭立武说：“都要，尽力而为吧。”在飞机就要升空的最后关头，精选的38箱河南博物馆文物费尽周折终于到达重庆白市驿机场，由两架运输机运往台北松山机场。
