1907年7月15日，秋瑾在浙江山阴县轩亭口被当街斩首，几日后此事在江浙一带掀起轩然大波。那时报业已经颇为发达，新闻自由程度也比较高，上海《申报》日销早在万份之上，各报纷纷报道此事，引起人们关注主要因为清朝妇女判死刑，最重是绞刑，杀头很少见。这样一种当街斩首的血腥杀害女性的方式，在大范围内激起了公愤。另外，秋瑾牵涉徐锡麟刺杀恩铭一案，她是在大通学堂被捕，是知识女性，虽然身上带有枪支，但被捕后没有一句供词，只留下一纸，上书“秋风秋雨愁煞人”七个字。因此，秋案既让人同情，又让人起疑，引起舆论广泛关注。
据当时报载，秋瑾之死，“女士身穿白色汗衫，外穿原色生纱衫裤，脚穿皮鞋，钉有铁镣，两手反缚。由山阴县署至轩亭口，一路有兵防护。临刑时女士不发一语。”秋瑾遇难前，已经通知家人防范，亲属疏散到附近乡村。当她遇难消息传来，亲属躲进深山，恐遭株连。所以秋家无人收尸，后遗骨由绍兴同善局草草成殓，缟葬绍兴府城外卧龙山西北麓。这便是秋瑾的首葬。
秋瑾死后，其家人为其不得入土为安，深深自责。两个月后，秋瑾兄誉章始秘密雇人，1907年10月，将秋瑾遗体挖出放入棺木迁往绍兴常禧门外严家潭殡舍暂放。可是不久，殡舍主人得知这是“女匪”秋瑾的棺木，便令秋誉章迁走。万般无奈的秋誉章只好将棺木移至附近一荒地，以草扇盖其上掩遮日晒雨淋。这便是秋瑾的二葬。
秋瑾生前结拜了两个姐妹，叫徐自华、吴芝瑛。她们得到秋瑾死讯，哀痛欲绝，发誓遵秋瑾遗愿，“卜地西湖西泠桥畔，筑石葬之”。
1907年秋瑾死后几个月，刚刚经过丧女之痛的徐自华抱病孤身赴杭州。她在西湖边上买了一块地，随后她又赴绍兴，至秋瑾家，安排迁葬。1908年2月，秋瑾棺厝落葬于杭州西泠桥西侧。吴芝瑛亲书墓碑“鉴湖女侠秋瑾之墓”。此为三葬秋瑾。
当年10月，清廷御史常徽即上折奏请平秋瑾墓、严惩营葬发起人吴芝瑛与徐自华等人，很快从北京发出了“廷寄浙抚，查照办理”的朝旨。吴、徐二人闻之毫不畏惧，吴芝瑛发电给两江总督端方，声言“因葬秋获谴，心本无他，死亦何憾”，慨称“彭越头下，尚有哭人；李固尸身，犹闻收葬”，因而无论是否其所作所为，均“愿一身当之”，只求“勿再牵涉学界一人，勿将秋氏遗骸暴露于野”。后清政府并没有惩办具体人，但强令秋墓迁葬。1908年12月，秋瑾家人被迫将西湖畔的棺梓迁回绍兴城外严家潭暂放。翌年秋，由其夫家出面，棺骨被远迁湖南湘潭昭山，与秋瑾的丈夫王子芳合
