正当美国空军准备将重新服役的SR—7lA用于训练和执行任务时，在美国1998年财政年度的国防预算中，美国政府却没有批准SR—71A的使用经费。于是，现由美国空军第9战略侦察联队第2分遣队使用的两架SR—71A重新服役型，尚未使用一次又将重新退役。
SB—71极其高昂的使用费用，是其将退役的主要原因之一，尽管就连国会议员也有人认为它仍然是一架尚无其它飞机可以代替的战略侦察机。在美国空军提交的任务准备状态的请求报告中，曾提出两架重新服役的SR—71A按每月30天计算，每月所需费用为3900万美元的预算。而且，美国空军还计划对其进行现代化改装，如改进它的侦察设备和雷达系统，装备卫星全球定位系统等，这些都需要极大的投资，所以美国国会未批准这些投资计划。由此看来，6O年代问世的“黑鸟”即将走到其生命的尽头。不过，即使SR—71全部退役，但现在已经变成NASA飞行试验机的“黑鸟”，仍将在科研战线上超期服役。