，后又转运到峨眉。战乱中路途惊险甚多，而近百万件文物，却毫发无损，冥冥中，似乎有天神在佑护一般，那志良在自传《典守故宫国宝七十年》里感叹：“都说古物有灵，炸不到，摔不碎，是真的吗？”押运5458件书画作品迁台
1948年底，国民党政府眼看大势已去，决定将故宫宝物运到台湾。那志良当时提出了反对意见，他觉得国共之争，与抗战完全是两回事，抗战时唯恐把国家文物陷入日本人之手，是必须要迁移的，这回却完全不同，他并不愿意为了政治问题影响到文化事业，因为在爱国宝如命的他看来，文物多一次搬运，便多一次损失。
可是，国民党政府已经下了命令。最后负责挑选这批运台文物的是号称“故宫四大金刚”的专家：书法专家庄严、瓷器专家吴玉璋、图书专家梁廷伟以及玉器专家那志良，他们从堆积如山的文物箱中抽出自己眼中的精品，构成了今日台北“故宫博物院”价值连城的馆藏。据杭立武《中华文物播迁记》一书记载：“南迁书画9000多件，运台5458件，其中就有堪称‘中华第一宝’的书圣王羲之《快雪时晴帖》；南迁铜器2787件，运台2382件，其中就有铭刻字数最多的西周重器毛公鼎。”
迁台文物一共运了3批。那志良负责押运第二艘船，于1949年1月9日到达基隆。
文物运到台湾后，暂存台中糖厂仓库。糖厂开工后，文物要另觅存放处。最后由杭立武带领理事会选定了台中雾峰乡北沟。1950年，在北沟租了地，盖库房存放文物，又盖了宿舍分配居住。那志良分到北沟宿舍，负责保管文物，一直住到台北故宫新馆落成，才搬去台北。
正告老外：国宝不能玷污
到台湾一年后，那志良心里已经知道，在台湾不会是暂时的了。一年中他目睹了很多官僚行径，无聊是非，心中有时会后悔台湾之行。1965年台北新馆建成后，那志良跟随文物从台中雾峰北沟的临时仓库搬到了台北士林外双溪。那里专门修建了4间一级专家宿舍，那志良在那里住了30多年，直到1998年去世。1978年台湾艺术大学聘请那志良去教授古器物学。在王庆台的回忆里，那志良温文儒雅，非常准时。那志良有时会和王庆台等学生聊天，说到两岸局势，他认为将来必然会走向复合，故宫文物属于全中国人，是一个历史的结晶。
说到那志良对文物的爱惜和严谨，有许多故事。一次台北故宫文物到纽约展出，美国《生活》杂志前来拍照。为了表现出一个清代瓷碗的薄度，摄影师拍死一只苍蝇想放在碗内，这样从外面拍照，苍蝇便清晰可见。然而这个别出心裁的创意却遭到那志良的拒绝。他坚持认为国宝不能沾有污浊之物。几经争执，摄影师只好妥协，换了一只草虫。不仅如此，他家中没有任何文物藏品。因为人在故宫，一定要避嫌。他把这称作文物守护者的基本职业素养。甚至，他招收弟子的前提也是不准购买古玩。
