研究孔子，还应当注重孔子本人的思想和实践同后世加在孔子身上的东西这两者的区别和联系。汉代五经博士塑造的孔子，宋明理学阐发的孔子，康有为笔下的孔子，乃至普通百姓心目中的孔子，与本来的孔子是不同的，甚至相去甚远。中国人解释的孔子与外国人解释的孔子，更是很不一样。利玛窦等西方传教士，用孔子的某些学说宣扬他们的教义;法国百科全书派认为孔子的某些学说近于唯物论和无神论;德国的古典哲学家却从孔子那里看到了辩证法。对于中外各种解释孔子者，应当加以系统研究，但不能把他们的解释当成本来的孔子。
因为孔子之学是个广博、复杂、良莠并存的休系，后来对孔子的解释、演绎又是五花八门，所以，研究孔子应当多层次展开。我对孔子基金会的学术研究活动，多次提出从以下五个方面展开:一是孔子本人的思想和社会实践;二是孔子创立的儒学及其后世的演变;三是以儒家学派为骨干的中国传统文化;四是以中国传统文化为辐射源的东方文化;五是东西方文化比较研究。当然，在研究中要注意这五个方面的相互联系，而不能割裂地孤立研究。
当代中国是中国共产党领导的社会主义国家，马克思列宁主义是指导我们思想的理论基础。我们研究孔子，应当坚持和提倡以马列主义、毛泽东思想为指针。同时，也要尊重他人用其他的观点和方法获得的有科学价值的成果，贯彻“双百”方针，欢迎不同学术观点的讨论，繁荣有关孔子的学术研究。无论在国内或在国外，这样做都很重要。这也是面向实际的科学态度。
第三点是研究孔子，要古为今用。
在建设中国特色社会主义进程中，批判地继承中国优秀的传统思想文化，批判地吸收国外先进的思想文化，以创造高度发达的社会主义精神文明，这是我们党和国家的重要宗旨。批判地继承我国的传统文化，孔子的学说是当然的重要对象。研究2000多年前的孔子，是为了用以服务现实，我们毫不讳言这个功利主义的目的。一向为封建统治阶级利用的孔子学说，其中有许多东西仍然可以为中国的工人阶级政党所利用，我们应当敢于公开申明这个观点。
孔子学说中可为今用的部分，我以为有三个方面:
第一是可以直取而用之的。比如孔子关于教育、学习的许多论述，至今仍很有光彩，可直接拿来为我所用。比如《论语》讲的“学而时习之不亦乐乎，有朋自远方来不亦乐乎，人不知而不愠不亦君子乎”，不就是正确的治学之道、交友之道、个人修养之道吗?
第二是可以剖取而用之的。孔子的政治思想，总体来说，是为了维护剥削阶级统治的长治久安服务的，但其中某些具体部分却具有某些普遍合理性，比如“节用而爱人，使民以时”，“博施于民而能济众”，这些“爱民、安民、养民、富民”的思想，则可以像马克思、恩格斯对待黑格尔学说那样，将其原来的意义加以扬弃，剖取出合理的部分，在新的历史条件下加以借鉴运用。
