1642年1月，查理一世亲自出马，带着他的手下闯进下院，以叛国罪的罪名要抓捕与他对抗的5名反对派议员领袖。但议长针锋相对，慷慨陈词，说他只听从议会的指令，断然拒绝交出这5名议员。查理一世碰了一鼻子灰，只好悻悻地离开下院。议员们在议会会场高喊：“特权！”、“特权！”，以抗议查理一世的粗暴行为。
此后，为纪念这次胜利，下院的这一仪式就一直延续了下来，不过现在已完全变成一种仪式。
然后，不甘失败的国王前往伦敦，准备搜捕这五名议员。但是令查理没有想到的是，他的这一举动激起了民众的强烈反弹，伦敦市民自动地武装起来保护这些议员。查理一世发现他在首都已经失去了支持，就离开伦敦撤向北方。内战从此拉开了序幕。
武装冲突在1642年的8月22日终于到来。这一天查理在诺丁汉升起了王旗，他坚定地指称议会造反，背叛了国王，必须予以讨伐。于是，持续6年的英国内战爆发了。
战争之初，国王的军队取得了一些胜利，但不久之后，便遇到了来自奥利弗·克伦威尔所率领的“新模范军”的有力抵抗。与此同时，“自由”成为议会阵营号召民众的口号，议会的军队获得了广泛的支持。
国王的支持者几乎都是英国国教的坚定拥护者，而议会的支持者则主要是清教徒。这场战争几乎是一场宗教战争，但是，战争的根本问题并不在于宗教，而是国家主权由谁来控制的问题，是国王还是议会？随着战事的发展，答案很快就出来了。议会军在马斯顿荒原和纳西比荒原两次打败王军，国王的军队被彻底击败，吃了败仗的查理一世上天无门，只好向参战的苏格兰军队寻求庇护。
不过，现在我们回过头来看一看17世纪中叶发生在英格兰的那场史无前例的砍头运动，我们就会发现，这其中实在难以找到可以让我们拍手称快的地方。因为，在这场运动前后，大约有20多万人被夺去了生命，而当时全国人口总共只有450万。
当倒霉的、穷得连军饷都发不出来的查理一世被克伦威尔这个来自民间的枭雄，以及他的充满革命热情的军队打得落荒而逃之后，他的厄运还没有结束。
1646年，英国议会与苏格兰议会经长期讨价还价，双方终于达成了一笔交易，英格兰以40万英镑的价码，从苏格兰人手中得到了吃了败仗的查理一世。国王成了这场交易的牺牲品，缺乏幽默感的国王只得自我解嘲地说：“我是被卖出和买进的。”
在内战中壮大起来的军队逐渐在国家的政治角力中有了更大的发言权，克伦威尔先生的威望和权势也随着他在内战中的节节胜利如日中天。对英国人民和国王来说，这决不是什么好兆头。