第四十五集 黑暗之门
战士形态的帝皇龙甲兽、人面战鹰兽与古神兽与究极魔兽对决，但是根本伤不了它，而且它的杀伤力巨大。大辅他们商量将究极魔兽送回数码世界，但是究极魔兽居然自己能打开数码世界大门。正当大家绝望时，小贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，小贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码暴龙的合力攻击，终于将究极魔兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到孩子身体里了……
第四十六集 战斗暴龙兽大战黑暗战斗暴龙兽
被移植了黑暗种子的孩子智力和体力都有飞跃的提高，但性格却越来越差。青龙兽将能量传给了亚古兽，并告知黑暗战斗暴龙兽去了现实世界。黑暗战斗暴龙兽找到及川，用言语激他，使他非常痛苦。正当黑暗战斗暴龙兽想杀他时，亚古兽WARP进化成战斗暴龙兽阻止他，两兽打了起来。战斗暴龙兽不断要求黑暗战斗暴龙兽停止攻击，但黑暗战斗暴龙兽不听。最后，帝皇龙甲兽战士形态与战斗暴龙兽一起攻击黑暗战斗暴龙兽，光子雷射、两个盖亚能量炮碰撞。黑暗战斗暴龙兽终于被打败，并且通过与亚古兽、V仔兽和虫虫兽的谈话明白了一些东西……
第四十七集 黑暗战斗暴龙兽的封印
在数码世界里，加布兽他们正努力封印光丘的数码大门。及川见到伊织，发现他的身份，想起以前的事。原来他和伊织的爸爸是好朋友，他们都相信数码暴龙的存在，并做过研究。但是伊织的爸爸英年早逝，令他非常悲哀。一位孩子的黑暗种子发芽开花，及川采集了那朵花，黑暗力量笼罩他的身体。黑暗战斗暴龙兽再次用言语激他，伊织的爷爷明白了事情的经过，希望成为及川的朋友。及川正想答应，却被黑暗力量所控制，攻击伊织的爷爷，黑暗战斗暴龙兽奋力挡住。知道自己快死了，黑暗战斗暴龙兽用意志用自己的身体封印了光丘的大门，牺牲了。
第四十八集 可怕的究极魔兽
大家暗中监视被植入黑暗种子的孩子，将他们集中在一个地方。及川出现，他用好像3年前太一他们回到现实世界前用来开门的钥匙卡，打算进入数码世界。大辅他们因为黑暗战斗暴龙兽已经封印了数码世界大门而并不惊慌。但是及川居然成功打开了大门，并和孩子们一起进去了。大辅等人非常吃惊，跟了上去。原来他们进的不是数码世界，而是另一个世界。极恶吸血魔兽（灭世魔兽）从及川身子里破出，它告诉及川其实自己之前做的事都是受到极恶吸血魔兽的利用。最后，极恶吸血魔兽吸取所有的黑暗之花，显现真身，并残忍地杀死了亚基利兽和木乃伊兽。除大辅外，所有被选中的孩子都被它的残忍所震慑。只有大辅勇敢地站出来，与V仔兽EX一起面对极恶吸血魔兽……
第四十九集 最后的装甲进化
由于大辅的勇气，使V仔兽EX的攻击居然对极恶吸血魔兽很有效。但它立即使用幻影攻击。所有人都看到令自己很高兴的假象，那些假象都是自己平时所苦恼的东西的反照。但他们后来都明白过来，只有打败极恶吸血魔兽，这些一切才能实现。奇迹发生，所有数码暴龙都可以同时使用装甲进化、正常进化、超进化以及合体进化。一连串的攻击将极恶吸血魔兽打得奄奄一息。但它后来进入了数码世界，吸取了数码世界的黑暗力量，强大起来，并且打算一统数码世界和现实世界。
第五十集 我们的数码暴龙世界（完结篇）
地球正逐渐被黑暗力量侵蚀。大辅他们仍不断地尝试阻止极恶吸血魔兽，但每次都被打倒。后来，所有被选中的孩子的神圣计划的光的力量驱散黑暗，并使他们的数码暴龙进入数码世界。终极吸血魔兽的力量被削弱，但是被植入黑暗种子的孩子泄气的话却又让黑暗力量有机可乘。大辅他们用真心的话让他们明白只要相信有实现梦想的力量，梦想一定会实现。最后，他们也有了数码暴龙搭档了。最后，帝皇龙甲兽战士形态用超级死亡彻底打败极恶吸血魔兽。及川就要死了，他却遇上自己的数码暴龙搭档，使他非常感动。他用信念牺牲自己修复了数码世界。二十五年过去了，数码世界已经与现实世界密不可分了。每个孩子都有自己的数码暴龙搭档，能与他们一起去冒险了！
