第五集 打倒黑暗之塔
暴龙改造者用暴利逼迫哥玛兽所在区域的基刹兽为它建造黑暗之塔，哥玛兽阻止却被围攻。于是它发出求救信号。因为伊织要练习剑道不能去数码世界，阿丈和其他人准备去数码世界营救哥玛兽。伊织由于练习时不专心被爷爷发现，并最终得到请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。大家造了雪橇准备去破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗之塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头，大辅等人破坏了黑暗之塔，哥玛兽进化成海狮兽终于打败了敌人。
第六话 危险的远足
今天是黄金假期，大家决定去数码世界远足。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和小京与大家失散了。美美去找小京，却掉进了暴龙改造者的领地，被小京和麻鹰兽叫醒。突然，她们被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽出现及时救了她们。正当好朋友相聚的感人时刻，美美说出来数码暴龙世界的目的是为了远足而不是来看巴鲁兽时，巴鲁兽很不高兴。此时暴龙改造者派出蟑螂兽兄弟攻击她们，美美利用蟑螂兽的攻击打裂了黑暗塔，巴鲁兽进化成仙人掌兽，与铁鹰兽一起打倒了黑暗塔。
第七集 小光的记忆
大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，开始由于体力不足被迫撤退。但是一只守卫兽在小光进入之前打烂了电视，小光被迫留在数码世界。大辅与阿武决定返回数码世界救小光。巴达兽在结界外进化成天使兽，但进去后又退化了。大辅很嫉妒，硬要V仔兽进化成什么“超级天使兽”。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不敌它。后来，安杜路兽分别认出大辅带着的太一送的太阳眼镜、太一以及小光，以前的记忆使邪恶环的力量消失。大家回去后，见到光子郎后，得知新型暴龙机名叫D3暴龙机。
第八集 暴龙改造者的孤独
大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。大家到了数码世界后，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让V仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假冒的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，暴龙改造者终于亮出底牌——他就是一乘寺贤！
第九集 邪恶环的魔力失控
一乘寺贤看到自己接受采访的录象，觉得很讨厌。于是他决定一直留在数码世界研究。大辅他们找到一乘寺贤家的地址，却发现他已失踪，于是立即去数码世界。他们遇到火焰兽，很辛苦终于打败了它们。但是暴龙改造者将邪恶环带在太一的暴龙兽上，并使它进行了黑暗进化！可怕的丧尸暴龙兽出现，它以压倒性力量打倒所有数码暴龙。最后丧尸暴龙兽因能量殆尽而退化成亚古兽，又被暴龙改造者带走了，太一此时心急如焚……
