第十五集 忍者兽的武艺谱
大家从电脑上发现暴龙改造者的地域越来越大，于是立即进入数码世界。在怪蛙皇的城堡区域，大家被受到控制的花拉兽和蘑菇兽攻击，忍者兽更是遇到强敌伊贺兽。后来伊贺兽往怪蛙皇身上套邪恶螺旋环，并向忍者兽下挑战书。大家利用怪蛙皇的攻击打碎黑暗之塔，然后将其打睡过去。忍者兽战胜清醒了的忍者豆豆兽，回来商量对策。大辅提议将套有邪恶螺旋环的鞭子砍掉，遭到谴责。最后大家一起攻击，终于将邪恶环打碎。但是，暴龙改造者却毫不关心……
第十六集 逃出海底，潜鲨兽
大家由于发现装甲而进入海底却被受到控制的超海龙兽而被困在海底。由于空气有限，大家让伊织坐紧急脱出小艇去叫阿丈来救他们。伊织碰到爷爷，因为不想说出出去的原因，爷爷就教育他不要说谎。阿丈在考试，伊织被迫说谎让阿丈出来，自己的良心受到谴责。到了数码世界，大家让伊织拿起刚找到的装甲，伊织不肯。在阿丈的鼓励下，伊织最终拿起装甲，让穿山兽装甲进化成潜鲨兽，与海狮兽一起打碎了超海龙兽的邪恶螺旋环。伊织终于懂得了善意的谎言是对的这个道理。事情结束后，潜鲨兽带伊织参观了海底。
第十七集 御台场的纪念日
今天是八月一日，是阿武等人第一次去数码世界的日子，新旧被选中的孩子们聚在一起纪念这个难忘的日子。在电视台，在剪辑录象带时经常发现黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃饭，听到他爸爸说起这件事。第二天，电视台工作人员依然发现同样的情况，并且不断有人叫迪路兽的名字，同时光子郎发现只要有D3暴龙机，任何一台上网的电脑都可以打开数码世界大门。八月三日，大家来到电视台前，迪路兽突然感觉到一些东西，于是大家进入电视台。黑影终于现身，他就是三年前的今天为保护迪路兽和小光而牺牲的巫师兽的灵魂。他留下了“发出善良的黄金光辉”的信息以后，就离开了……
第十八集 追击暴龙改造者基地
光子郎和伊织发现暴龙改造者的基地，大家决定让太一等人帮助，并利用一起去郊游的假象掩护下一举打倒暴龙改造者。小京因为非常紧张，到了数码世界以后神经非常兴奋，暴龙改造者的基地从原来的位置消失了。小京下去侦察时不小心被蜘蛛兽袭击，麻鹰兽为救她而受伤。小京非常后悔，于是小光留下来陪她照顾麻鹰兽，其他人去找暴龙改造者基地。晚上，当麻鹰兽的伤好了以后，小光和小京发现了正在天上的暴龙改造者的移动基地。
第十九集 合成魔王，基米拉兽
阿武和伊织一大早去侦察暴龙改造者的基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取出黑暗系数码暴龙的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码暴龙——合成型的基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码暴龙，小光她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他争执起来，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退……
