第二十五集 天空骑士，亚古拉兽
在伊织危险时拯救他的谜之数码暴龙就是虫虫兽进化而成的飞虫兽。大辅相信小贤已经改过自身，努力地要令小贤成为同伴，但是小京等同伴的反应则很冷淡。大家内心的某处都仍然不太相信小贤。就在那时，在数码世界的美美传来了求救信号。突然出现的高力兽正开始要破坏水坝。为了阻止高力兽，小京他们立即出动前往数码世界。但是高力兽对小京他们零星的攻击无所畏惧。为了守护下游的镇一定要认真地攻击……就像小贤要消灭闪电球兽那样！不能打倒高力兽，也就不能守謢水霸，小京为此十分苦恼。小贤的到来使她终于领悟，麻鹰兽也进化成亚古拉兽，在大家合力下，终于打倒了高力兽。
第二十六集 合体进化，化敌为友
被小贤消灭的数码暴龙原来是由神秘女人利用黑暗之塔所变成的。小贤就以前作为暴龙改造者时的行为重新向孩子们道歉，但拒绝了大辅的邀请成为同伴而独自离去。他希望一力承担自己的罪孽……孩子们继续重建数码世界的工作，但对于逐渐明朗化的事实就不能整理好心情。但是那些追击他们的数码暴龙……新的危机正向数码世界迫近。原来是暴龙改造者的基地中的黑暗力量将会发生大爆炸！为了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大辅发E-mail叫小贤来，但是却没有回音。虽然伊织他们仍不能信任小贤，但大辅仍然继续等待小贤。最后他终于赶到，然后两个人的心互相重迭，奇迹的进化就发生了，V仔兽EX与飞虫兽合体进化成了完全体的机甲龙兽。
第二十七集 无敌合体，机甲龙兽
V仔兽EX与飞虫兽合体进化成机甲龙兽，力量比大古加兽还强，令大家觉得不可思议。大家进入暴龙改造者的基地，将善良徽章插进动力室。动力室虽然停止运作，但是爆炸却仍未停止。小贤发现管道，于是顺着管道找。他们发现了动力室能量的来源，阿武和小光感到有黑暗力量。原来那里是黑暗世界的入口，而且那里马上就要爆炸了。就在最危急的时刻，机甲龙兽打败了大古加兽，并击毁了来源。回去以后的第二天，光子郎与他们讨论了合体进化的事，并确立了敌人——神秘女子。
第二十八集 昆虫军团
神秘女子看了被一部电视机录下的大辅他们的对话片段，非常生气。决定认真对待被选中的孩子。她发电子邮件给他们，叫他们到一间大屋去。那一间大屋所有的东西都是正常的30倍大。大辅、伊织和小贤作为先头部队被蟑螂兽与古尼兽袭击，而阿武、小光和小京也被黄蜂兽和螳螂兽袭击，被迫躲进大屋。而且那些数码暴龙身上都没有邪恶环和邪恶螺旋环，也没有证据证明它们是由黑暗塔变成的。当大辅等三人找到神秘女子时，飞虫兽和钢钻兽居然被控制。伊织终于明白，神秘女子吹的笛子能够控制昆虫型数码暴龙。突然他们掉了下去，粘在蜘蛛网上，蜘蛛兽正朝他们走去……
第二十九集 蜘蛛女王的饰物
伊织向小京和阿武他们求救，但他们都脱不了身。最后他们利用空调将蜘蛛网弄破。但是飞虫兽和钢钻兽依然受到控制，他们被困在抽屉里。伊织想到用声音来干扰笛声，由小京来担当重任。善于玩弄电脑的小京在小光的帮助下，终于成功干扰了笛声，所有被控制的数码暴龙恢复正常。但没想到神秘女子居然露出了原型，它就是亚基利兽！大家设了个陷阱，用胡椒粉、杀虫水和电线削弱亚基利兽的力量，机甲龙兽终于打败了她。但是亚基利兽的同党木乃伊兽突然出现，并救走了它。
