”，而《诏定古文尚书序》所记，则是坑杀的具体过程，因此，有可能两书所记的实际同为一事，后书是对前书所坑杀事件的具体记述（尽管某些细节未必准确）。
还有的说，秦始皇“焚书”有之，“坑儒”则无，所谓“坑儒”实是“坑方士”之讹。当时秦始皇主要针对方术之士大开杀戒，儒生被坑杀者虽有，但为数不多。从历史上看，儒家在秦朝的地位比以往大有提高，秦始皇的“坑方士”行动，对秦代儒生的社会政治地位并未造成大的影响。如清代梁玉绳说：“余常谓世以‘焚书坑儒’为始皇罪，实不尽然。……其所坑者，大抵方伎之流，与诸生一时议论不合者耳。”（《史记志疑》）宋代郑樵说：“陆贾，秦之巨儒也；郦食其，秦之儒生也；叔孙通，秦时以文学召，待诏博士数岁。陈胜起，二世召博士诸儒生三十余而问其故，皆引《春秋》之义对，是则秦时未尝不用儒生与经学也。”清代梁玉绳也说：“《叔孙通传》载二世召博士诸儒生三十余人问陈胜，又通降汉从儒生弟子百余人，征鲁诸生三十余人……则知秦时未尝废儒，亦未尝聚天下之儒而尽坑之。”（《史记志疑》）
有的甚至提出，西汉始元六年（前81），始有桑弘羊提出秦始皇“坑儒”这一说法，这时距始皇去世已有一百多年了。刘向在《战国策序录》中也说过“坑杀儒士”的话。也就是说，坑儒是后世儒家强加给秦始皇的罪名。
既然这么多人对“坑儒事业”提出了质疑，我们就有必要来探究一下秦始皇到底杀的是些什么人。考古发现的秦云纹瓦当告诉我们被秦始皇所坑埋的是术士，是一群宣传炼丹吃药，上山下海求仙，用长生不死之说欺骗、蛊惑人心的骗子，在当时以这种“方术”成名的人有羡门高、正伯侨、徐福以及他们的徒子徒孙卢生、侯生、韩众等等。他们欺骗秦始皇，说能给秦始皇弄来长生不死之药。秦始皇给了他们好多钱，他们弄不来长生不死之药，而且还在下头议论秦始皇，说秦始皇“刚戾自用”、“专任狱吏”；说秦始皇“乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠”；说秦始皇“贪于权势”、“天下之事无小大皆决于上”；说秦始皇每晚批阅文件，批阅不完多少斤竹简、木牍就不睡觉；说像他这样的人如何能够成仙呢？说完后他们便卷铺盖逃跑了。他们所批评的秦始皇的一些毛病，不能说不对，但他们是由于没有办法向秦始皇交差，没有办法掩盖他们的骗术不灵而发这种牢骚的。所以秦始皇大为震怒，便把留在咸阳的一些类似的人捉起来加以拷问。这些人相互牵引，越扯越多。秦始皇从中圈定了四百六十个，把他们活埋在咸阳城外的山区。当时的坑儒谷在今西安市临潼区西南十公里之洪庆村。
