梅金群岛登陆作战成功后，“舡鱼”号、“鹦鹉螺”号和“独角鲸”号又进行了一次尝试，目标是阿图岛。图为1943年4月30日在鹦鹉螺”号上进行的一次登陆作战演练，作战行动于1943年5月11日展开
1942年底的美国潜艇部队迎来了一次不小的改观。一大批新式的“加托”级潜艇进驻珍珠港，而老旧的潜艇则退出作战序列转而执行训练任务，或是执行一些特种任务。新型的SJ水面搜索雷达开始陆续装备部队，这对于改善潜艇的导航与攻击能力十分重要。此外，一批年轻有为的艇长开始加入指挥官的行列，这将极大提高潜艇部队的战斗力。1942年里，美国潜艇总共击沉180艘日本舰船，总吨位725000吨。而同年德国潜艇的战绩则令人乍舌地达到了1160艘盟军船只，总吨位共计6000000吨！
1944年5月30日，“叉尾带鱼”号潜艇启程执行首次战斗巡逻任务。该艇是典型的晚期型“加托”级艇
1943年的作战情况和鱼雷问题的终结
时间进入到1943年，洛克伍德开始思考如何调整自己手上的人员和装备。他将太平洋潜艇司令部改在澳大利亚西海岸，布里斯班也任命了新的指挥官――吉米.怀夫，同时还下令各艇由司令部统一指挥行动和作战，每艘潜艇的确切位置都必须及时向司令部报告。不幸的是这一点日本人也很关心，他们无时不刻都在窃听这些无线电通信。
1943年的头两个月损失了4艘美国潜艇，还有2艘遭受重创。美国海军的注意力此时开始放在了太平洋中部的跳岛作战上。布里斯班的7艘潜艇奉命返回珍珠港，澳大利亚的潜艇基地逐渐失去了它的重要性。在返回珍珠港的潜艇中，“石乔鱼”号成了大战中最知名的潜艇之一。在该艇前往新几内亚执行第三次战斗巡逻任务时，“石乔鱼”号击伤一艘日本驱逐舰。不久又遭遇一支日本护航船队，“石乔鱼”号击沉所有4艘船中的三艘。在返航途中，由于鱼雷用尽，“石乔鱼”号还用甲板炮击沉一艘货轮。在这一系列战斗中，艇长默顿制造了一起引起广泛争议的事件：在被击沉的日本船只中，有一艘是运兵船，默顿竟下令用艇上轻重火力射杀了大批海面上的幸存者。他对此的解释是，这些幸存者都是作战士兵，很可能被营救后重新投入对美作战中。所以同样身为军人，他本人有责任消灭对方。尽管这一事件在当时的国际社会引起了很大的争论，美国军方却一直保持缄默，未对此事发表任何评论。