“刺尾鱼”号潜艇在1944年4月里进行的第2次战斗巡逻任务中在特鲁克岛附近海域救起22名美国海军飞行员，该艇战绩在美国海军潜艇部队中排名第二
1943年底还发生了一件具有讽刺意味的事。美国海军“杜父鱼”号潜艇在其第9次战斗巡逻中被日本海军 “山云”号驱逐舰击沉，近一半艇员落水后被俘，并被押送到特鲁克岛，另一半艇员被俘后被转移至日本海军“云鹰”号和“冲鹰”号护航航空母舰上，这两艘日本航母随后驶往日本本土。在途中遭遇正在巡逻的美军“旗鱼”号潜艇。“旗鱼”号随即发射鱼雷将“冲鹰”号击沉，这也是大战中被美国潜艇击沉的第一艘日本航空母舰。“旗鱼”号带着胜利的荣誉返回珍珠港，但直到战后，艇上的官兵才得知“冲鹰”号上有将近一半“杜父鱼”号的艇员，然而自己却将他们送进了海底。
走向胜利的潜艇作战
1944年上半年，美军已在太平洋战争中完全占据上风，菲律宾海大海战和马里亚纳海战将日本海军舰队损耗殆尽，尤其是海军航空兵力量损失惨重。日本海军仅有的5艘重型航空母舰中的3艘在战斗中被击沉，而其中两艘是美军潜艇所为，分别是科斯勒指挥的“??鱼”号击沉的“翔鹤”号以及布兰查指挥的“大青花鱼”号击沉的“大凤”号。6月，由于美军潜艇对日本油轮的打击力度逐渐加大，日本不得不将主力舰队的基地改在距离婆罗洲油田较近的林加群岛和塔威塔威岛，而这一变化反而更有利于澳大利亚的美军潜艇展开阻截行动。此外，由于燃料的严重短缺，日本海军不得不严格限制其海军航空兵的飞行训练活动，其带来的不良影响在“马里亚纳火鸡大屠杀”中得到了鲜明的印证。为了躲避美国潜艇的打击，日本人不但缩短了海上油料供给航线的长度，为了节省时间还采取了直接使用婆罗洲油田未精练的原油而不是爪哇和苏门答腊岛的成品油为船只进行油料补给。这里出产的原油采自浅层地表，较通用的海军专用油料含更多的易挥发易爆炸成分，装载这种燃油的船只被击中后更容易产生爆炸，往往一枚鱼雷就可以导致一艘大型船只的沉没，“大凤”号的沉没和菲律宾海战的结果都是很好的例子。
战争进行到这一阶段，胜负已成定局。随着数量的不断增加，美国潜艇在打击日本海上运输线的同时还展开了一系列特种作战和侦察任务，出海执行战斗巡逻任务的潜艇数量达到了140艘。到了1944年中期，日本船只的损失已经达到了平均每月50艘的程度，物资进口数量已经远远低于维持战争需要的最低水平，但日军的抵抗仍在继续。
珍珠港的美国潜艇此时转移到了马绍尔和塞班岛进行加油和物资补给。1944年10月23日晨，美国海军“鲮鱼”号、“镖鲈”号和“真鲷”号潜艇在巴拉望岛附近海域击沉两艘重巡洋舰并击伤另外两艘。两天后，美军潜艇再次击沉一艘轻巡洋舰和一艘驱逐舰。日本海军的水面舰队也不断遭到美军潜艇的沉重打击。11月，日本海军“金刚”号战列舰被美军潜艇击沉。一周后，刚刚出海的日本海军“信浓”号航空母舰被美军“射手鱼”号潜艇击沉。1944年全年，美军潜艇共击沉7艘日本海军重型航空母舰，击伤一艘。与此同时，1944年9月到1945年1月间，日本本土由印尼得到的海上燃油补给量也由700000吨锐减到了200000吨。
