司马申，字季和，河内温人也。祖慧远，梁都水使者。父玄通，梁尚书左民郎。申早有风概，十四便善弈棋，尝随父候吏尚书到溉，时梁州刺史阴子春、领军朱异在焉。子春素知申，即于坐所呼与为对，申每有妙思，异观而奇之，因引申游处。梁邵陵王为丹阳尹，以申为主簿。属太清之难，父母俱没，因此自誓，菜食终身。
宋书梁元帝承制，起为开远将军，迁镇西外兵记室参军。及侯景寇郢州，申随都督王僧辩据巴陵，每进筹策，皆见行用。僧辩叹曰：“此生要鞬汗马，或非所长，若使抚众守城，必有奇绩。”僧辩之讨陆纳也，申在军中，于时贼众奄至，左右披靡，申躬蔽僧辩，蒙楯而前，会裴之横救至，贼乃退，僧辩顾申而笑曰：“仁者必有勇，岂虚言哉！”除散骑侍郎。绍泰初，迁仪同侯安都从事中郎。
宋书高祖受禅，除安东临川王谘议参军。天嘉三年，迁征北谘议参军，兼廷尉监。五年，除镇东谘议参军，兼起部郎。出为戎昭将军、江乘令，甚有治绩。入为尚书金部郎。迁左民郎，以公事免。太建初，起为贞威将军、征南鄱阳谘议参军。九年，除秣陵令，在职以清能见纪，有白雀巢于县庭。秩满，顷之，预东宫宾客，寻兼东宫通事舍人。迁员外散骑常侍，舍人如故。及叔陵之肆逆也，事既不捷，出据东府，申驰召右卫萧摩诃帅兵先至，追斩之，因入城中，收其府库，后主深嘉之。以功除太子左卫率，封文招县伯，邑四百户，兼中书通事舍人。寻迁右卫将军，加通直散骑常侍。以疾还第，就加散骑常侍，右卫、舍人如故。
宋书至德四年卒，后主嗟悼久之，下诏曰：“慎终追远，钦若旧则，阖棺定谥，抑乃前典。故散骑常侍、右卫将军、文招县开国伯申，忠肃在公，清正立己，治繁处约，投躯殉义。朕任寄情深，方康庶绩，奄然化往，伤恻于怀。可赠侍中、护军将军，进爵为侯，增邑为五百户，谥曰忠。给朝服一具，衣一袭，克日举哀，丧事所须，随由资给。”及葬，后主自制志铭，辞情伤切。卒章曰：“嗟乎！天不与善，歼我良臣。”其见幸如此。
宋书申历事三帝，内掌机密，至于仓卒之间，军国大事，指麾断决，无有滞留。子琇嗣，官至太子舍人。
史臣曰：宗元饶夙夜匪懈，济务益时。司马申清恪在朝，攻苦立行，加之以忠节，美矣。毛喜深达事机，匡赞时主。蔡徵聪敏才赡，而擅权自踬，惜哉！
按：司马申前救王僧辩，后救陈后主，他与萧摩珂友好，鄱阳王的参军，还是毛喜的妹夫，为政“清能”，是一个人才。
