南京医科大学图书馆建于1934年，是我国馆藏建设较为丰富的医学图书馆之一，是江苏高等教育文献保障系统（JALIS）的医学文献中心，也是江苏省工程技术文献信息中心的组成部分，同时是中国高等医药图书馆协会会员馆、江苏省医药卫生中心馆、江苏省高校医学文献中心和中国学术期刊文献检索一级咨询站。图书馆在五台校区和江宁校区都有馆舍，五台校区馆舍南北二楼相连，面积共9000平方米，南楼三层建成于1978年，北楼五层建成于2000年。目前在建的江宁校区图书馆馆舍面积16000平方米。馆藏中外文期刊5700余种，纸本书刊54万余册，电子书刊42万余册。馆藏书刊以基础医学、临床医学、预防医学、药学为收藏重点，同时收藏生物学、化学、数学、物理学、计算机、管理学等与医药卫生相关的书刊以及部分社会科学，文艺书刊。
