中国新疆航空公司组建于1985年1月1日，是民航总局直属航空运输企业，公司总部在新疆乌鲁木齐，主运营基地设在乌鲁木齐地窝堡国际机场，同时管理新疆区内11个机场和航站，在江苏常州机场开设基地。曾用IATA代码“XO”；ICAO代码“CXJ”。新疆航空公司使用“天鹅皓月”图案作为企业标识。
新疆航空公司机队曾拥有3架伊尔-86，4架伊尔-96，2架波音737-300，9架波音757，6架图-154M（2001年全部退役），5架ATR。形成以乌鲁木齐为中心的枢纽-辐射式营运网。曾开辟有50多条国内航线和5条国际航线。1999年完成总周转量3.2亿吨公里，客运量144万人次，货运量3.2万吨。
新疆航空公司其前身最初是1955年成立中国民用航空乌鲁木齐管理处。1959年到1984年，为中国民航新疆维吾尔自治区管理局。1985年，中国民用航空乌鲁木齐管理局、新疆航空公司成立，实行政企合一体制。2001年12月，根据中国民航体制改革要求，新疆航空公司与民航乌鲁木齐管理局分立，成为独立运作的市场主体。
2002年10月11日，新疆航空公司加入中国南方航空集团公司。2004年10月，新疆航空公司注入中国南方航空股份有限公司，实现一体化运行，成为中国南方航空股份新疆分公司。主要经营国内、国际、地区航空客、货、邮、行李运输、航空器维修业务以及航空运输代理业务。此外，还经营国际、国内定期或不定期客货包机业务。2006年12月31日实现运输飞行安全52周年，创造了中国民用航空最高运输飞行安全记录。
