南开大学自2005年开始开设药学专业，在此基础上经过周密筹划与实地考查，于2007年3月份正式成立药学院。药学院以“打扎实基础，求创新拓展”为指导思想，为配合滨海新区天津国际生物医药园的建设，计划通过五至十年的努力，建设成为具有适度规模、国内一流、具有南开特色的药学院。
整体框架药学院由一个本科专业和四个研究所组成。本科专业为药学专业，强调加强基础和专业基础培养，能适应多方面需求，同时又有从事专门研究方向的训练，符合培养高级研究型人才的需求。四个研究所为生物技术药物研究所、药物设计与合成研究所、复方药物研究所和药物制剂与临床药学研究所。
师资队伍药学院在不断发展壮大中，预计今后教师人数达到90人左右，行政管理干部10人左右。教师队伍中实验教学岗教师8至10人，学术带头人25至30人，其余为年青学术骨干。药学院建立新型的吸引人才、激励人才、培养人才的机制，下大力气引进业务精、素质高的国内外知名高水平学术带头人，力争在5年内培养和引进院士1人，长江学者2人，杰出青年4人，教授25至30人。以重点建设的方向为依托，构筑若干个结构合理、学术精良、具有合作与创新精神的师资团队，形成规模稳定、结构合理、梯次分明的高水平师资队伍。
人才培养创建研究型大学和有特色的现代药学专业，联合办学，利用资源优势积极申报硕士点和博士点，初步形成研究型大学人才培养的层次结构。目前，本科生每年招收一个班，共三十人，硕士生招收二十名。逐年发展到本科生招收二至三个班，共六十至九十人。研究生和本科生比例为1：1，硕士生和博士生各占一半。完善药学专业的教育体系，初步形成培养高素质、创新型、具有国际竞争力人才的培养模式，开放创新的课程体系和完备的教学质量评估体系，提高学生培养质量。
学科目标重点建设药物化学、微生物与生化药物、生药学三个二级学科。争取一至二年申请一个博士点和一级学科硕士点，三至五年建成一级学科博士点，五年后申请一个重点学科，十年后再申请一至二个重点学科，争取实现药学一级学科的重点学科。
合作共建拟和天津国际生物医药联合研究院共建如下研发平台：基因药物和蛋白药物研发平台、系统生物学平台、现代中药研发平台、药物及安全性评价平台、新型药物制剂和工程平台及大型仪器公用平台，实现人员、项目和仪器设备的共享。
