台州市疾病预防控制中心成立于2000年10月，其前身是台州市卫生防疫站，是浙江省较早成立市级疾病预防控制中心，是国家全额拨款公益性事业单位。
台州市疾病预防控制中心担负着保障全市人民健康、经济建设和我市创建国家文明城市的重任，是全市的疾病预防控制业务技术指导中心，其主要职能（7个），即：1.突发公共卫生事件应急处置；2.疾病预防与控制，包括传染病、慢性非传染性疾病；3.健康危害因素监测控制，如居室环境、微小气候对人体的影响；4.疫情及健康相关因素信息管理，5.实验室检测分析与评价，包括食品、化妆品、水质、空气、医务用品、消毒药械、日常用品等卫生检验；6.健康教育与健康促进，7.技术指导与应用研究。
台州市疾病预防控制中心是一个充满生机和活力的团体，现有43名正式职工，其中高级职称10名、中级职称12名，高中级职称人员占54%。中心现有市“211人才工程”第一层次人员1名、市拔尖人才1名、市科技新秀2名，省级青年岗位能手1名。中心设有办公室、质量管理科、传染病防制科、慢性病防制科、环境医学科、卫生检验检测中心、健康教育所、预防医学门诊部等8个科（所）。中心成立四年来，取得了许多优异成绩，如市级文明单位、省疾病预防控制系统思想政治工作先进集体、市先进基层党组织、市抗击非典先进党组织、市直先进党支部、规范化党支部、市级卫生单位及各类专业先进集体10余项，科技成果8项，发表国家级论文130多篇。
中心新办公大楼于中心成立初启用，工程总建筑面积6000m2（包括实验室2000m2、办公楼1800m2、辅助用房2200m2），为六层框架。
