吉林省社会科学院日本研究所，始建于1972年，刚开始叫日本研究室，1978年正式建立日本研究所，下设日本历史、日本经济、日本政治及满铁四个研究室。20世纪80年代所内研究人员近20人。历任所长为孙继武研究员（78~86年）、金太相研究员（86~90年）、高书全研究员（90~95年）、郭洪茂研究员（95年~现在）。日本研究所现有研究人员9名，其中研究员3名、副研究员2名、副研究馆员1名、助理研究员3名。所内设有满铁资料馆，始建于1995年7月。现任馆长郭洪茂研究员，副馆长李力研究员。
日本研究所自成立至今，承担许多重点项目。主要有：①国家社科基金“七五”重点课题——中日关系史资料丛刊；②国家社科基金“九五”重点课题——满铁调查部研究；③中国社会科学院中日历史研究中心课题——满铁与“九·一八”事变研究；④中国社会科学院中日历史研究中心课题——伪满后期的劳务统制政策与“特殊工人”研究；⑤中国社会科学院中日历史研究中心课题——日德民间受害赔偿比较研究；⑥中国社会科学院中日历史研究中心课题——沦陷时期的华北经济研究；⑦国家社科基金“八五”、“九五”重点课题——日本帝国主义侵华档案资料选编；⑧中日合作研究课题——侵华日军细菌战研究；⑨中日合作研究课题——满铁劳工问题研究；⑩吉林省社科规划重点项目——吉林蓝皮书·东北亚卷（院内合作）。除此，还承担许多院重点及一般项目。
主要科研成果有：专著《中日关系史》卷一、《鞍钢史》、《伪满洲国史新编》、《战争与恶疫——七三一部队罪行考》、《满铁与中国劳工》、《战后日本垄断资本》、《张作霖》、《隔世遗思——评满铁调查部》、《东北沦陷十四年史纲要》、《中日关系史》（上中下）、《日本向中国东北移民调查》、《战争狂人与大独裁者》、《过剩经济》、《世界通览》（合作）、《日本百科辞典》等；译著《圣西门选集》（3卷本）、《日本政治史》（全四卷）、《中国派遣军》、《“九·一八”事变》、《外国经济法·日本国卷》（合作）、《我的半生》（山口淑子）、《关东军秘史》、《日本帝国主义对中国东北的掠夺》、《拉康》等；资料书《满铁资料·路权篇》（四分册）、《满铁资料·煤铁篇》（四分册）、《九·一八事变纪实》、《日本帝国主义侵华档案资料选编·华北事变》（合作）、《吉林省社会科学院满铁资料馆馆藏资料目录》（全3卷）、《满铁调查期刊载文目录》（全3卷）、《满铁调查报告目录》（全2卷）等。此外，还发表学术论文150多篇。
日本研究所在学术交流方面，曾主办过几次国际学术会议，受至学术界的好评。有多位学者出国讲学、研修，出国参加国际学术会议共15人次。每年接待国外学者来访几十人次。并承担有中日学者合作研究课题，还承担并完成了三项日本万博基金、国际交流基金、日本财团基金等资助的科研项目。
