高淳县于1956年成立血防站，1958年改建为防疫站。随着卫生体制改革的深化，2001年12月根据高编字［2001］14号文件精神,撤销高淳县卫生防疫站，组建高淳县疾病预防控制中心，行政上受高淳县卫生局领导。
新成立的县疾病预防控制中心，是坚持预防为主方针，应用预防医学理论和当代科技成果进行疾病控制、卫生监测、科研培训和健康教育的卫生事业单位，是全县卫生防疫业务技术的指导中心。本中心现有职工39人，其中卫技人员33人，占总人数的84.6%；副高级职称4人,中级职称8人，中级职称以上人员占卫技人员总数的36.4 %；本科（大学）生3人，大专生11人，大专以上学历占职工总数的28.2%。
本中心设有6个职能科室，分别是：疾控一科、疾控二科、卫生检验科、综合服务科、皮防门诊、办公室。
本中心固定资产350万元，其中检验仪器设备50万元。万元以上仪器设备有原子分光光度计、气相色谱仪、电子分析天平、一氧化碳检测仪、半自动生化分析仪等大型精密仪器。有业务用房1900m2, 其中检验用房600m2，实验室内部布局合理，设备性能优良，环境条件优越，为卫生防病，卫生监测技术的开展创造良好条件。我中心开展的主要检测项目有食品、食品添加剂、食品包装容器、饮用水、纯净水、水源水、医院污水、化妆品、作业场所职业危害因素、放射、公共场所及室内环境与健康相关的卫生用品等八大类193项卫生质量指标的检测与评价工作。
我中心始终坚持科学研究为疾病控制服务，为经济建设服务。在传染病、地方病、慢性病和寄生虫病的防治、计划免疫和食品、劳动、环境、放射、学校卫生检测等方面的工作取得显著成效。
1998年3月通过了江苏省质量技术监督局的计量认证评审。
1998年以来多次参加省、市组织的实验室间质量控制，成绩均合格。
1997年以来，共在市级以上刊物发表医学论文40余篇。
