元和十四年（８１９），唐宪宗敕迎佛骨（即所谓舍利）于凤翔法门寺。先在宫中供养三天，然后送长安各寺，供僧俗礼敬，从而再次掀起全国性的宗教狂热。是时，“王公士民瞻奉舍施，唯恐弗及。有竭产充施者，有燃香臂顶供养者”（《资治通鉴》卷二四○）。
对此，韩愈从儒家立场出发，予以坚决反对。他上表认为，佛教只是夷狄之法，非中国所固有，只是在后汉时才传入中国，因而不合先王之道。又说，佛教的流行使“乱亡相继，运祚不长”，对封建统治有害而无益。他着重指出：“佛本夷狄之人，与中国言语不通，衣服殊制。口不言先王之法言，身不服先王之法服，不知臣君之义，父子之情”，故不宜敬奉。于是他断然提出：“以此骨付之有司，投诸水火，永绝根本，断天下之疑，绝后世之惑。”（《谏迎佛骨表》，《韩昌黎全集》卷三九）并表示，“佛如有灵，能作祸祟，凡有殃咎，宜加臣身”。此表正与宪宗的奉佛心意相抵触，且历数前代奉佛之君运祚不长，因而招致宪宗的盛怒，欲处韩愈以极刑。后经裴度、崔群等人的说情，最后被贬为潮州刺史。
韩愈反佛是在佛教势力达于鼎盛的情况下进行的，具有比唐朝初年傅奕反佛更为深刻的影响。史称韩愈“素不喜佛”，信奉孔孟之道。他有感于安史之乱后藩镇力量强大，中央政权削弱，又有感于儒学的衰微和佛、道的蔓延，曾写下《原道》《原性》《原人》等论文。他在这些论文中认为，只有大力扶植名教，提倡忠君孝亲的孔孟之道，限制佛、道的传播，才能有效地巩固中央集权的统治。他在《原道》中指出：“今其法曰：必弃而君臣，去而父子，禁而相生养之道，以求其所谓清净寂灭者”；“今也欲治其心，而外天下国家，灭其天常，子焉而不父其父，臣焉而不君其君，民焉而不事其事”；“今也举夷狄之法，而加之先王之教之上，几何其不胥而为夷也”。意思是说，佛教背弃纲常名教，有碍国计民生，不合文化传统，务必予以排斥。
为了达成排佛目的，韩愈提出了儒家的“道统”，把它作为民族文化的主线，以与佛教各宗派的传法世系相对抗。他自认得了儒学真传，以继承和发扬从尧舜到孟子的道统为历史使命，要效法孟子辟杨、墨的精神来辟佛、道。基于此，他特别推崇《大学》的理论体系。《大学》将治国平天下列为头等大事，并与个人的道德修养联系起来，而佛教提倡出世主义，既违背封建伦常，又否认国家至上观念，所以佛教是不可容忍的。
韩愈反佛的出发点和立论根据，是为了强化中央政权的政治经济利益，确立儒家文化的正统地位，比傅奕涉及的社会和思想问题对于封建统治者来说要现实得多。为了实现他的儒家政治理想，他在《原道》中提出“人其人，火其书，庐其居”的口号，试图以行政手段彻底废除佛教。这一思想为此后唐武宗的灭佛提供了重要依据。而他所提出的儒学独尊和儒家“道统”，则对宋代理学的形成有明显影响。
宪宗在唐中期还算是个有作为的皇帝。此后朝政腐败，朋党斗争，国势日衰，而唐穆宗、唐敬宗、唐文宗照例提倡佛教，僧尼之数继续上升，寺院经济持续发展，大大削弱了政府的实力，加重了国家的负担。唐武宗继位后，在整顿朝纲、收复失地、稳定边疆的同时，决定废除佛教。他在废佛敕书中写道：“洎于九州山原，两京城阙，僧徒日广，佛寺日崇。劳人力于土木之功，夺人利于金宝之饰；遗君亲于师资之际，违配偶于戒律之间。坏法害人，无逾此道。且一夫不田，有受其饥者；一妇不蚕，有受其寒者。今天下僧尼不可胜数，皆待农而食，待蚕而衣。寺宇招提，莫知纪极，皆云构藻饰，僭拟宫居。晋、宋、梁、齐，物力凋瘵，风俗浇诈，莫不由是而致也。”他认为，废佛是“惩千古之蠹源，成百王之典法，济人利众”（《武宗本纪》，《旧唐书》卷十八）的唯一办法。这是武宗决心灭佛的主要原因。
唐武宗尚未即位时，已偏好道术。即位后，即召道士赵归真等八十一人入宫，于三殿修“金箓道场”，并亲临三殿，受法箓。在日益偏信道教的同时，武宗开始了对佛教的整顿。而赵归真因曾遭京师诸僧的诮谤，常感“痛切心骨，何日忘之”（《宋高僧传》卷十七），这时便利用武宗对道教的偏信，于宫中“每对，必排毁释氏”（《佛祖历代通载》）。他向武宗荐引了道士邓元起、刘玄靖等人，以声气相求，同谋毁佛。道教徒的煽动，加强了唐武宗灭佛的决心。
安史之乱后，唐朝国力迅速衰退。以往那种对外来文化兼容并蓄、完全开放的勇气和信心丧失殆尽。佛教作为异族宗教，自然也就在被排斥之列。会昌三年（８４３）四月，朝廷“命杀天下摩尼师，剃发令著袈裟作沙门形而杀之”（圆仁《入唐求法巡礼行记》卷三）。会昌四年三月，以赵归真为“左右街道门教授先生”，而“归真乘宠，每对，排毁释氏，言非中国之教，蠹耗生灵，尽宜除去。帝颇信之”（《武宗本纪》，《旧唐书》卷十八）。
唐武宗灭佛，实始于会昌初年，而至会昌末年达到高潮。早在会昌二年（８４２），武宗已令僧尼中的犯罪者和违戒者还俗，并没收其全部财产，“充入两税徭役（《武宗本纪》，《旧唐书》卷十八）。会昌四年七月，敕令毁拆天下凡房屋不满二百间，没有敕额的一切寺院、兰若、佛堂等，命其僧尼全部还俗。
会昌五年三月，敕令不许天下寺院建置庄园，又令勘检所有寺院及其所属僧尼、奴婢、财产之数，为彻底灭佛作好准备。同年四月，即在全国范围内展开全面毁佛运动。僧尼不论有牒或无牒，皆令还俗；一切寺庙全部摧毁；所有废寺的铜像、钟磬悉交盐铁使销熔铸钱，铁交本州铸为农具。八月，下诏宣布灭佛结果：“天下所拆寺四千六百余所，还俗僧尼二十六万五百人，收充两税户；拆招提、兰若四万余所，收膏腴上田数千万顷，收奴婢为两税户十五万人。”（《武宗本纪》，《旧唐书》卷十八）同时还“勒大秦穆护、祆三千余人还俗”，以使“不杂中华之风”。
会昌灭佛给佛教以沉重打击。据日僧圆仁目击记述，山东、河北一带的寺院，到处是“僧房破落，佛像露坐”，“寺舍破落，不多净吃；圣迹陵迟，无人修治”（《入唐求法巡礼行记》卷四）的景象。在江南地区，也是“刹宇颓废，积有年所”（《修龙宫寺碑》，《金石萃编》卷一○八）的状况。其后不久，唐末农民战争爆发，对佛教又是一次冲击。由于寺院经济被削夺，僧尼被迫还俗，寺庙遭毁，经籍散佚，致使佛教宗派失去繁荣的客观条件。因此，佛教需要新的权势者的倡导，采取新的生存和发展形式。
