福州市传染病医院创建于1947年，几经迁移，于1957年定于现址（福建省福州市鼓楼区西洪路312号），现任院长潘晨，医院是国家公立医院，由福州市卫生局审批发给《医疗机构执业许可证》，诊疗科目为：预防保健科、小儿传染病专业、传染科、肠道传染病专业、呼吸道传染病专业、肝炎专业、虫媒传染病专业、动物源性传染病专业、虫病专业、急诊医学科、医学检验科、病理科、医学影像科、中西医结合科、中医内科专业。医院是福建省传染病诊疗中心、艾滋病治疗中心,内设福建医大传染病学教研室、福建中医学院温病学临床教研室、福州市中西医结合肝病研究所，是全省最大的肝病治疗中心，中华医学会感染病学会福建分会、福建省中西医结合学会肝病分会的挂靠单位，首批省、市医疗保险定点医院，福建医科大学、福建中医学院教学医院及福建中医学院研究生临床教学医院，是一家以肝病和传染性疾病患者为服务对象的集医疗、教学、科研为一体的三级甲等传染病专科医院。
医院占地50.3亩，建筑面积43115平方米，编制床位350张，医院技术力量雄厚，现有职工321人，专业技术人员270人，其中高级职称32人，中级职称49人，博士、硕士及在读研究生19人，形成一支结构合理、适应21世纪医学发展需要的老中青结合的专业人才梯队。
《中华人民共和国传染病防治法》规定有甲乙丙类传染病38种，医院主要收治除结核病、麻风病、淋病、梅毒等之外其他法定传染病，也是治疗各种肝病的专科医院。六十多年来，医院十分重视学科建设，现拥有普通肝炎、孕妇肝炎、小儿肝炎、中西医结合肝炎、其它传染病及介入等临床科室。“病毒性肝炎”专业被评为福建省十大特色专业之一；“中西医结合治疗病毒性肝炎”成为福州市重点专科，并被福建省卫生厅列为重点专科建设项目；PCR实验室是福建省首批通过卫生部临床检验中心验收的三家医院之一；“药物临床试验基地”通过了国家药监局的验收，是福州市市属医院中唯一一家通过验收的单位。医院在治疗重型肝炎、慢性肝炎、肝硬化以及肝脏相关疾病等方面已达到省内一流、国内先进水平，在乙型肝炎和丙型肝炎的抗病毒治疗方面具有丰富经验，了解较新的信息，掌握较新的治疗方法。近十几年间共引进新技术、新疗法、新项目66项，如人工肝支持系统、腹水浓缩回输、慢性肝炎和早期肝硬化的抗纤维化治疗等。肝病研究所采用PCR法，开展了乙肝病毒DNA和丙肝病毒RNA定量检测、乙肝病毒基因分型、乙肝病毒基因测序，并用其他方法开展乙肝病毒核苷类似物变异位点检测等，对乙型肝炎和丙型肝炎抗核病毒治疗，提供有力的实验依据。针对肝功能衰竭，医院采用了“内科综合治疗━人工肝支持━肝脏移植”的一体化治疗模式，在肝衰竭治疗方面积累了新鲜经验。在几十年临床实践的基础上，医院自主开发了疗效独特的10余种治疗肝炎的系列中成药，价格低廉，造福广大的肝病患者。
此外，医院在登革热、麻疹、艾滋病、伤寒、流脑、乙脑、肠道传染病、手足口病等多种传染病的诊疗方面积累了丰富的经验，多次参与传染病重大突发事件的收治及抢救工作，为控制传染病在福建的流行作出了突出的贡献。2005年我院收治肠道传染病，实现了省、市政府提出的 “确保零死亡、确保无二代传播”的目标，治愈率达百分之百，出色完成任务。
2002年医院经评审确认为三级甲等传染病专科医院后，紧紧围绕“以病人为中心”和巩固提高“三甲”医院成果，继续深入开展医院管理年活动，狠抓医疗服务质量，始终保持良性发展的态势，从2000年至2007年，医院治愈好转率、抢救成功率、病死率等各项医疗质量指标均稳定在优良水平；每门诊次均费和每住院次均费用均低于市卫生局下达的控制数，有效减轻群众医药负担，较好控制了医疗费用的增长，开创医患双赢的良好局面。
医院始终坚持“科技兴院，质量强院”的办院宗旨，重视科研工作，近年来有《茵白冲剂治疗病毒性急性黄疸型肝炎》、《胎肝及中西医结合治疗重症肝炎的研究》、《人工肝支持疗法治疗肝功能衰竭》、《肝宝胶囊治疗脂肪肝的研究》等16项科研成果获省政府、省卫生厅、市政府等的奖励，2项科研成果在国外获奖，医院自主研发的《治疗肝纤维化的制剂及其制备方法》和《治疗脂肪肝与酒精肝的制剂及制备方法》被国家知识产权局授予中国发明专利权，目前，医院还承担着省科技厅、省卫生厅等立项的15个科研项目。医院重视学术论文的撰写，近年出版或合作出版专著、科普读物14部，在省级以上杂志发表论文600多篇。
医院坚持科学发展观，重视购置先进设备，目前价值在万元以上的医疗设备有180多台（件），其中有德国数字胃肠机、美国贝克曼全自动生化分析仪、日本多层螺旋CT机、德国百特持续血液净化滤过机等各种国际先进诊疗设备，为医院的医疗和科研工作的开展提供了保证，使医院各种检查及检测项目准确性和精确率都处于省内先进水平。
长期以来，医院奉行“团结、严谨、求新、奋进” 的精神，倡导人文关怀理念，注重抓四个文明、医德医风、医院文化、廉政廉医的建设，认真实施行风目标管理和医疗服务公开明示制度，建立治理医药购销领域商业贿赂长效机制，在全省率先推出“七优先”，“一次投诉待岗制”、“医德医风查房制”以及肝功和超声检查当日报告的承诺，并为外地患者邮寄检查报告单等一系列便民服务措施，推出“病人自主选医生”，实现看病“三通”等服务新举措，深受病人和社会的欢迎，在精神文明建设中取得了令人瞩目的成就，医院连续获得“文明单位”、“标兵单位”、“病人满意医院”、“诚信医院”和“先进基层党组织”等荣誉。
医院始终坚持走“大专科、小综合”的发展道路，立足于传染病大专科，做强做大病毒性肝炎专业，发展与肝炎相关的综合科室，逐步开展肝病内科、肝病外科、肝病产科、肝癌介入治疗等专业。当前新建的12层病房大楼正在装修，不久，一座现代化、人性化的病房大楼将展现在美女山下，为患者提供宾馆式的服务。
随着卫生体制改革的进一步深入，医院将继续奉行“团结 严谨 求新 奋进”的精神，进一步狠抓医疗质量和服务质量，以实际行动不断解决政府关注，群众关心的“看病难、看病贵”问题，积极引进人才，在服务上追求完美，内强素质，外树形象，不断改善医院环境，实行无假日制度，以优质的服务奉献于社会，奉献于病人，为建设海峡西岸经济区做出贡献。
