李芳述重庆府合州（今重庆市合川区）人。早年参军，隶属于大定警备司令刘之复麾下。贵州水西自治州发生叛乱，他随军前往镇压，因功升任排长。康熙十三年（1674年），吴三桂起兵反清，刘之复也起兵响应，率令所部驻守夷陵、巴东一带与清军对峙，李芳述也随军驻守在夷陵。李芳述不愿意追随吴三桂反清，不久就找机会率领所部逃了出来，回到四川叙州。五年之后，他又将留在大定的家眷接到了叙州。吴三桂死后，其孙吴世璠继位，派人任命他为军长，并叫他从巫山出兵进攻郧阳和襄阳。他接到命令后仍留在重庆按兵不动。十九年（1680年）清军四川方面军总司令赵良栋攻克成都，他派人到赵良栋军前呈上了吴世璠给他的委任状，率领重庆，泸州，叙州等地文武官员归顺清朝。赵良栋让他去招抚永宁地区的蛮族，他就率领所部移驻永宁，修筑地池，加强军备。不久，吴世璠派大将毛友贵率数万兵马进攻永宁，他率部迎敌，击走吴军。不久，吴军又派敢死队趁夜间用云梯攻城，他亲自己指挥部队坚持抗战，歼敌1000多人，并在阵前将吴军主帅毛友贵斩杀。吴军又派人前来以高官厚禄招降他，他却将吴军的委任状派人交给赵良栋。
此后，吴军攻陷合江，他奉命撤离永宁退守叙州。他到叙州后捉住敌军的探子，公开斩首示众，稳定了军心。敌军大举来攻，他率军在城外真武山和翠屏山之间设营防守，使得吴军无法前进。吴军遂撤军退到马湖，打算从犍为突击成都。他知道吴军的这一计划后，事先派兵在犍为路上设下埋伏，大败吴军。这后他乘胜攻占大象岭和关山，迫使据守建昌的吴军守将胡国柱率军退回云南。他率军与赵良栋在昆明会师，攻克云南。吴军彻底失败。
康熙三十一年（1692年），他晋升为贵州卫戍司令，四十年（1701年），云南军政委员会主席巴锡上疏弹劾他的部下团长高鉴不法事迹，他也上疏攻讦巴锡，康熙帝特派司法部副部长温达前往调查，温达上奏他包蔽下属应该叩掉他的俸禄，康熙帝特下旨免予处罚。四十二年（1703年），湖南镇篁地区暴发了苗民起义，朝廷命他率军平乱，事平之后他上书建议：“贵州地区苗人和汉人杂处，应当派熟悉少数民族情况的武将前往长期驻守。”四十五年（1706年）康熙帝下诏褒奖他说：“李芳述镇守边境多年，统率军队得法。现在的老将之中，少有人能和他相比。”康熙四十七年（1708年）病逝于任上。
