西安交通大学口腔医院成立于1985年，前身为西安医学院第二附属医院口腔科，具有50多年的渊源历史。1975经卫生部批准建立口腔医学系，1991年成立口腔医学院。2000更名为西安交通大学口腔医院。
西安交通大学口腔医院是卫生部直属的集教学、医疗、科研、预防保健为一体的口腔专科三级甲等医院，是西北地区口腔医学专业师资培训中心，是卫生部继续医学教育基地之一，是陕西省口腔医疗质量控制中心、陕西省牙病防治指导组挂靠单位。医院在职教职工270余人，其中教授，副教授46人，具有博士、硕士学位44人，博士生导师1人、硕士生导师20人。
口腔医院具备陕西省三级甲等专科医院的资质，医院设有牙科椅130把，病床76张，全院固定资产6000余万元。设有临床科室9个：牙体牙髓病科、牙周粘膜病科，儿童牙病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔预防科、急特诊科，种植中心；其中：口腔颌面外科为陕西省重点学科，口腔内科（牙体牙髓病科、牙周粘膜病科，儿童牙病科）、口腔修复科为陕西省优势学科。医辅科室5个：口腔影像科、药剂科、病理科、检验科，技工中心。医院除开展口腔常见病的治疗外,在耳鼻器官再造、颌面整形美容、头颈部肿瘤、颞颌关节紊乱症、牙周病、口腔粘膜病、义齿修复、牙颌畸形矫治、种植义齿、小儿牙病等口腔疑难疾病的诊断、治疗和技术、口腔疾病的预防保健等方面各具特色，居国内先进水平，为患者提供优质的口腔疾病诊治和保健服务。
医院还设有口腔内科、口腔颌面外科、口腔修复、口腔正畸和口腔预防5个教研室，招收硕士研究生。其中口腔颌面外科为国内首批硕士点授权单位。共承担口腔医学专业本科18门课程教学，临床医学专业的《口腔科学》课程。承担硕士生、本科生、进修生及继续医学教育等多层次的教学任务。近年来获得省部级教学成果6项、校级教学成果3项、校级教改项目8项，出版专著5部、各类教材6部。口腔教学实验中心具有先进的仿生头模实验室、口腔技工工艺实验室、形态学实验室和口腔颌面外科-影像实验室，为研究生、本科生的实践教学搭建了良好的平台。
近年来医院承担国家自然科学基金、“863”、省部级、市厅级科研项目60余项。投资500多万元设立口腔医学研究中心，从事口腔基础医学研究和口腔临床医学应用研究的工作，中心建立了设施完备的口腔“细胞与分子生物学”研究平台。该中心可从事动物实验、细胞培养、蛋白质和核酸大分子等方面的研究。
医院注重与国内外高校、科研单位和医疗机构的学术交流与合作，近年来先后与美国、日本、挪威等多个国家和香港地区的学术团体及医疗机构建立了合作关系。
