落马洲站（英文：Lok Ma Chau Station）是港铁东铁线的其中一个终点站，也是九铁最后一个启用的车站。位于新界元朗区落马洲一带，服务东铁线沿线前往中国大陆的乘客，于2007年8月15日下午4时起启用。本车站的兴建目的为疏导罗湖站的过境人流。
落马洲支线试车时，部分从尖东站开出，以上水为总站的列车，在离开上水站后改经落马洲支线前往落马洲站；现在列车则会行驶红磡至上水各站，再以梅花间竹的方式前往落马洲站或罗湖站。通车初期，东铁线在繁忙和非繁忙时间每小时分别会有6班和5班列车以落马洲站为终点站。
从落马洲站经福田口岸过境至深圳，可接驳深圳地铁4号线福田口岸站。落马洲站位处边境禁区内，邻近深圳河，所有乘客必须持有有效禁区通行证（俗称禁区纸）或有效旅游证件方可使用本站。
车站楼层落马洲站设有4层，占地约9公顷，地面为公共运输交汇处。车站内升降机以T代表票务大堂（Ticketing）、A代表抵港大堂（Arrival）、P代表月台（Platform）、D代表离港大堂（Departure）。车站外升降机则使用G、L1、L2及L3。另外，同层的月台及抵港大堂不相通，必须利用扶手电梯经票务大堂方可抵达。
L3
T 票务大堂 客务中心、客务资讯中心、车站商店、自动柜员机
L2
A 行人天桥 行人天桥由深圳返回落马洲站大堂
抵港大堂 香港入境事务处及香港海关检查
通道前往公共运输交汇处、车站商店、洗手间
L2
P 2号月台 东铁线列车往尖东方向
岛式月台，左／右车门将会开启
1号月台 东铁线列车往尖东方向
L1
D 行人天桥 行人天桥通往深圳福田口岸联检大楼
离港大堂 香港入境事务处及香港海关检查、车站商店
客务中心、车站商店、自动柜员机、洗手间
G
地面 - 出口、公共运输交汇处
车站大堂
落马洲站只分为三个主要大堂，包括离港大堂、抵港大堂及票务大堂。为了方便人流管制，乘客是不能直接由离港大堂前往抵港大堂或票务大堂，当乘客到达离港大堂后，不可以返回月台，必须出闸前往中国大陆或出口。可是，乘客可以由抵港大堂经票务大堂及月台前往离港大堂。
由于落马洲站为出入境检查站，所以在离港大堂、抵港大堂设有海关、出入境及其他重要的过境设施。乘客办妥出境手续后，将会经由一条横跨深圳河，单臂斜拉式天桥步行至深圳市的福田口岸联检大楼。乘客亦可于同时设于大楼内的福田口岸站，转乘深圳地铁4号线前往深圳市其他地方。
另一方面，于落马洲站的票务大堂内设置两部湿地观赏仪，可供访港乘客利用观赏仪欣赏落马洲邻近一带的天然湿地环境。
车站商店及自助服务
大堂里设有购物区，内有车站商店、免税店及自动柜员机等方便乘客。另一方面，本站是全香港铁路之中最多7-Eleven的车站，全站范围内多达4间分店。车站落成初期更设有餐厅、旅行社、医务中心及多间银行自动柜员机，但由于需求低，车站票务大堂层不少商店已在2008年8月结业。
车站月台
落马洲站设有2个月台，位于L2层，采用岛式月台排列，方便乘客乘坐往尖东方向的东铁线列车，亦有指示前往罗湖站的乘客，请于上水站转车。九铁表示，在落马洲支线通车初期，若果于其他车站误乘往落马洲站的列车，乘客可直接乘坐反方向的列车，但是实际上，列车一到达落马洲站，所有乘客必须落车并前往离港大堂。
此外，落马洲站1号月台以南已预留部份月台结构，以便北环线落实兴建时，作为扩充本站之用。
车站出口
A - 深圳皇岗（出境专用）
入境处出境大堂、深圳联检大楼、福田口岸、深圳地铁福田口岸站
B - 下湾村（香港境内）
下湾村落马洲站公共运输交汇处
公共巴士巴士：
76K往华明邨及元朗(西)
276B往彩园邨及天富苑
277往朗屏邨
N277往元朗(西)
N76往上水
44B往屯门西铁站
44B1往屯门码头
77往天颂苑
78往大榄隧道转车站
79S往天颂苑
小巴：616S往旺角
