厦门市中医院是全国首批三级乙等示范性中医院和福建中医学院附属医院，是一所集中医医疗、教学、科研为一体的综合性医院。承担着福建中医学院、厦门大学海外教育学院和华夏国际中医学院（香港）的临床教学任务。
医院现开放病床408张，规划床位700张，设有内、外、妇、肝病、骨伤、痔疮、针灸、皮肤等19个临床科室，拥有病理、物诊、放射等7个医技科室，医院中心实验室经省厅验收达到部颁二级实验室等级。
医院现有职工480多人，主任医师、副主任医师60余名。享受国务院特殊津贴者6名（杨叔禹、康良石、涂福音、杜凤澡、黄跃东、董亦明），硕士生导师7名，全国第一批、第二批老中医药专家4名。医院拥有八层螺旋CT、西门子800MAX光机、阿克松彩超、贝克曼自动生化分析仪、东芝无暗盒遥控X线机、全自动微生物分析系统、电子腹腔镜等大型精密仪器。医疗设施较齐全，2002年的门诊量达53万人次，病房开放总床位日逾15万。
医院突出中医特色，发挥祖国传统医学优势，注重专科专病建设，其中肝病治疗中心2000年被授予福建省重点中医专科，目前“肝病中心”与“慢性胃炎”专病为国家级重点中医专科专病创建单位。脾胃科、肛肠科与糖尿病专科为省级重点专科创建单位。同时肝病中心、脾胃科、肛肠科为市级重点专科。此外医院在治疗男性病、骨科疾病、中风偏瘫、不育（孕）、中西医结合微创治疗胆胰疾病及中药美容方面亦有独特疗效。
医院重视科教工作，倡导科技兴院，建院以来，先后获各种科研成果30多项，著书20多本。医院中心实验室通过部颁二级实验室标准验收。医院于2002年成为福建中医学院非隶属附属医院,每年接收各院校实习生近80名。医院的国际中医培训交流中心，每年举办多项国家级医学继续教育项目，设立北京中医药大学大专学历厦门函授站，目前有在读生140余名。
医院注重医德医风建设，努力为患者提供优质服务。在门诊实行电脑联网、“病人选医生”、绿色助患服务、7天工作制及周日健康讲座，中药房提供协定处方、中药小包装及中药代煎服务。在病区开展整体护理、一 日清单制。医院除定期到辖区为孤寡老人、残疾人送医送药外，还为公务员、院士、民政优抚对象提供上门巡诊服务。
近几年来，医院先后被评为福建省文明中医院、厦门市百家窗口优质服务竞赛优胜单位、福建省“创文明行业、建满意窗口”示范单位。1995年通过国家级验收，成为全国首批示范性中医院。2001年经市卫生局批准，医院先后与市第一门诊部、同安区中医院成立医疗服务联合体。
