西南交通大学生命科学与工程学院是学校根据学科优化与调整方案，于2008年7月由原西南交通大学生物工程学院和西南交通大学药学院（筹）合并组建的学校二级教学、科研管理机构。2000年，西南交通大学隶属关系由铁道部划归教育部直属以后，学校积极拓展专业面，并以国家西部大开发战略和生物医药产业迅速发展为契机，依托西部生物资源和中药产业优势，在原化学教研室基础上设立了西南交通大学生物工程系。2002年，学校在峨嵋校区设立了西南交通大学药学院（筹）。2005年，西南交通大学生物工程系更名为西南交通大学生物工程学院。 2008年7月，生物工程学院与药学院（筹）合并组建西南交通大学生命科学与工程学院。
学院现有教职工90人，其中教师60人，实验技术人员20人。教授 （10人）、副教授（25人）35人，约占教师人数的60%。具有博士学位的教师25人，占教师人数的40%。具有硕士以上学历教师占教师人数的85%以上。25％的教师具有国外学习或工作的经历。
学院现有：生物工程、生物信息学、中药学和制药工程等四个本科专业；生物化学与分子生物学、微生物与生化药学、生物化工、中药学、生药学等五个硕士学位授予点。学院下设四个系（生物系、生物工程系、药学系和化学化工系），四个实验中心（生物、生物工程、药学、化学化工）和一个分析测试中心，四个研究所（中药学、应用化学、生物工程、生物化学与分子生物学）。实验室总面积约6000平方米，各种教学科研仪器设备1000余台套，仪器设备总资产合计约1200多万元。承担完成本学院及全校工科化学以及生命科学导论等课程的理论和实验教学及科学研究任务。
学院弘扬“竢实扬华，自强不息”的交大精神，传承学校“严谨治学、严格要求”优良传统，以工科教育为背景,制药为主要特色,学科建设为龙头，人才培养为根本，教学质量为生命线，师资队伍建设为关键，强化优势和特色，产、学、研协调发展。培养宽口径、厚基础、重实践、综合素质高、创新能力强，具有较强竞争能力的生命科学与工程领域高级科学技术与工程应用性复合人才。学院本科生升研率连续四年保持在35%以上；30余名同学保送至国内高级研究机构和著名大学攻读硕（博）研究生，20余名同学被国外知名大学录取攻读硕（博）研究生。
学院与美国、英国等国家和地区的国内外知名院校和研究机构、生产企业建立了广泛的交流与合作关系。现有分子生物学、生物信息学、生物催化和有机合成、生物工程技术、药用植物资源、天然产物化学与生物活性、中药开发应用、应用化学与化学工程等8个主要研究方向。截至2008年9月，主持或承担包括国家自然科学基金、国家863、973、国家科技基础条件平台、四川省科技厅、省中医药管理局等国家和省部级项目以及横向各类项目百余项。累计到位经费1000余万元。目前学院全体师生在“围绕人才培养、凝练学科方向、加强队伍建设、发挥辐射作用、做强生命学科”工作思路指导下，为实现交通特色的多学科协调发展的高水平研究型大学的学校建设目标而努力奋斗。
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