第二军医大学药学院创建于1949年，是全军唯一能培养各种层次药学人才的教学、科研基地。半个多世纪以来，为军队与地方培养输送了数以万计的药学专业人才。
药学院地处国际化大都市——上海，环境整洁优雅。现有教学、科研、办公用房总建筑面积达2.1万m2，一个培育700余种植物的药用植物园和药用植物暖房。拥有600兆和300兆核磁共振仪各一台、液相色谱仪30多台，液相-质谱联用仪3台等多种大型仪器，设备总值约5500万元。
学院设有十个教研室，包括药学一级学科下的全部六个二级学科。另外有1个海洋药物研究中心、1个分析测试中心和1个实验教学中心。学院1995年建成药学博士后流动站；1998年获批为药学一级学科博士授权学科；2000年药物化学实验室被列为全军重点实验室；2001年药理学科被评为国家重点学科；药物分析教研室继2002年获批为全军重点实验室之后，2003年又被批准为药物(中药)代谢研究重点实验室。 学院现有教学科研人员140余人，其中高级职称45人。现在读研究生有180余人，本科、专科生800多人。学院有一批国内外知名的老专家教授，如：苏中武、芮耀诚、郑汉臣、吴玉田、张万年、易杨华、苏定冯等，也有一批充满活力的中青年人才，如：姜远英、张卫东先后被评选为上海市科技启明星；柴逸峰、缪朝玉先后被上海市教委列为曙光学者，获得曙光计划资助；缪朝玉曾荣获全国百篇优秀博士论文奖，2004年又被评为上海市十佳青年科技英才和总后科技新星。
近年来，药学院逐步形成了自己的特色与重点研究方向——抗心脑血管疾病药物研究、抗肿瘤药物研究与军用特需药物研究。在“十五”期间共获得各类纵向基金课题130多项，获资助总额达4935万元，年平均达1200多万元。横向科研引资年平均到款额1000多万元。共发表学术论文近500篇，其中SCI收录94篇(IF总值114.4)。出版专著教材64本。申请专利87项，获专利授权37项。现共获新药证书9个，正在进行临床研究的新药8个，已获临床批文的5个，完成临床前研究并且资料已报送SFDA的10个，处于临床前研究阶段的有30多个。获军队科技进步一等奖1项、二等奖1项，上海市科技进步一等奖1项。
