重庆交通大学理学院前身为重庆交通学院基础部，由于学科专业发展需要，1993年更名“重庆交通学院基础科学系”，1996年更名“重庆交通学院计算机及信息工程系”，2003年10月成立“重庆交通学院基础部”，2006年7月正式成立“重庆交通大学理学院”。
理学院现有教职工69人（教师63人），其中正高职称10人（教授8人，研究员2人），副高职称15人（副教授14人，高工1人），高级职称教师占39.68%；中级职称29人；具有硕士以上学位的教师39人，占61.90%；另外有12位教师在外（职）攻读博士学位，初步形成了一支结构较为合理的师资队伍。
理学院现有运筹学与控制论、计算数学、应用数学、应用化学、应用物理等五个学科。其中运筹学与控制论为学校重点建设学科，韩逢庆教授和宋乾坤教授为学科带头人，该学科有博士4名，教授5人，5名教师在外攻读博士学位。学院开设信息与计算科学、数学与应用数学两个本科专业，目前在校学生421人。
理学院实验室现有三个实验室，总面积2493平方米（数学、物理、化学实验室分别200、1342、951平方米），教学仪器设备总资产496万元（数学、物理、化学实验室分别50、260、185万元）。该院共开设数学实验项目47项，物理实验项目21项，化学实验项目53项；综合、设计性实验达到80%，开放实验室2间。通过涵盖相关课程基本内容的实验教学，增强学生对知识的理解，提高学生的实践能力。
