中国科学院过程工程研究所的前身是中国科学院化工冶金研究所。在我国著名科学家叶渚沛先生倡导下于1958年10月1日经国务院批准正式成立。建所初期，我所致力于应用化工原理强化冶金过程，为我国钢铁和有色金属工业的发展做出了重要贡献。
70-80年代，在郭慕孙和陈家镛两位院士的带领下，为适应学科发展趋势和社会需求，学科方向逐步演变为化学反应工程和冶金物理化学，应用领域由冶金扩展到资源、环境、材料和生物技术，并开拓了计算机技术在化学中的应用。
经30年的积累，到90年代，学科方向又进一步扩展为工程化学，形成了以多相反应和分离工程为核心的应用基础研究和以生化、资源及环境、能源和材料为应用领域的应用研究框架，并建立了技术开发公司，形成了基础研究-应用开发-产业化的布局。
纵观我所40年的发展，走过了一条发挥化工学科优势、关注学科交叉、加强应用基础、开拓应用领域和发展产业化的道路；经过几代人的不懈努力，初步具备了以"过程工程"为学科方向的条件。为此，经中央编制委员会批准，2001年4月7日正式更名为中国科学院过程工程研究所。
四十多年来，我所积累了许多科研成果，培养了一批优秀人才，在国内外学术界形成了自身的特色和优势，为国家经济建设做出了重要贡献。共取得科研成果587项，获国际、国家、院部级成果奖142项。其中，国际奖3项，国家三大奖19项（其中获国家科技进步一等奖2项，二等奖3项，国家自然科学二等奖3项）。专利申请项目在中科院研究所名列前茅。2000年被国务院学位委员会批准为"化学工程与技术"一级学科博士学位授予单位，招生专业为：化学工程、化学工艺、生物化工、应用化学和工业催化。
目前，我所设有生化工程国家重点实验室、多相复杂系统国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心（北京）以及北京过程工程高新技术有限责任公司。在职职工290名，其中有中国科学院院士4名，中国工程院院士1名，博士生导师34名，硕士生导师36名，国家杰出青年基金获得者5人，中国科学院"百人计划"入选者6名，在学研究生230名；许多学术带头人在国内外学术机构任重要职务。中国颗粒学会挂靠我所，所内主办《过程工程学报》、《计算机与应用化学》和《光谱实验室》三个学术期刊。
过程工程是为所有过程工业服务的共性学科，它研究物质的物理、化学和生物转化过程中物质的运动、传递、反应及其相互关系。其任务是创建高效清洁的物质转化工艺、流程和设备，解决实验成果产业化过程中的关键问题。我所面对生化、资源与环境、能源和材料等领域，加强工艺创新、过程设计和工程应用的能力，重视学科交叉和从分子工程到产品和过程工程中不同尺度的复杂体系的研究，致力于从个别现象归纳共性规律，创建普适方法，开发高新技术，以建设世界一流的过程与产品工程的现代化研究基地为奋斗目标。
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