山西医科大学基础医学院前身是基础医学部，始建于1958年，1999年更名为基础医学院。目前，在山西医科大学办学方针的指导下，基础医学院以教学为中心，科研为动力，开发为补充，相互促进，不断发展，成为山西医科大学一个学科门类齐全，专业设置基本合理，教学、科研同步发展的基础医学教育、基础医学科学研究的重要基地。几十年来，基础医学院为高层次，高素质医学人才的培养做出了突出贡献。1993年该院参与筹建中国高等教育学会基础医学教育分会，并创办了《基础医学教育》杂志，后更名为《山西医科大学学报－基础医学教育版》，杂志的创办为全国高等医学院校基础医学教育工作开辟了一个交流的窗口，为基础医学教育的发展做出了贡献。
基础医学院教职工目前编制为228人，其中教师168人，其中教授24人，副教授66人，讲师以下职称78人。教学辅助人员60人。现有教师148人，其中教授31 人，副教授22人，讲师40人。助教55人。博士生导师13人，硕士生导师33人，该院教师学历：具有博士学位的29人，硕士学位的83人，占教师总数的76 %。实验技术人员共43人，其中高级实验师17人，实验师8人，助理实验师18人；实验技术人员中19人具本科学历，24人具大专学历。
学院现下设13个教研室，分别为：数学教研室、化学教研室、物理学教研室、细胞生物学与遗传学教研室、人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生理学教研室、生物化学与分子生物学教研室、病理学教研室、寄生虫学教研室、微生物学与免疫学教研室、病理生理学教研室、药理学教研室。学院现有博士学位授予点1个、一级学科硕士学位授予点2个、二级学科硕士学位授予点12个。其中，生理学科为国家重点学科；生物化学与分子生物学为山西省重点建设学科，药理学为山西省重点扶持学科。组织学与胚胎学、人体寄生虫学、药理学、微生物学与免疫学4学科为学校重点扶持学科。4个研究所，分别为：生理研究所、肝病研究所、医学寄生虫学研究所和基础医学研究所。7个院管教学实验室，分别为：机能学实验室、形态学实验室、化学实验室、物理学实验室、人体解剖学实验室、生物化学与分子生物学实验室、微生物学与免疫学实验室。
基础医学院承担着全校本科生（5年制，7年制）、研究生及继续教育学院各层次、各学院、系的46门基础医学课程的教学任务。近年来，该院以教学为中心，加大教学改革的力度，逐渐将多媒体技术引入理论课和实验课教学实践；积极进行双语教学的摸索和探讨；成立了综合性的机能学实验室和形态学实验室，实现了教学资源的共享，提高了教学资源的使用率；开设综合性实验课，逐年在各学科中进行实验教学改革，考试方法改革，为全面提高学生素质、提高学生实践技能水平和教学效果发挥了良好的作用。近五年，全院在各类期刊发表教学论文33篇。参编或主编各类教材及辅助教材65部；生理学、药理学、生物化学与分子生物学、人体寄生虫学4个学科课程被评为省级精品课程。
该院教师近五年来承担国家级、省部级科研课题100余项；在国家核心学术期刊发表论文300余篇，SCI收录60余篇，申报专利10余项。科研获奖情况：获省科技进步一等奖2项、二等奖10余项，省高校科技进步一等奖10余项。
