东南亚研究中心是在厦门大学南洋研究院及厦门大学其它有关研究机构的基础上组建的跨学科研究机构。厦门大学南洋研究院（原“南洋研究所”）创办于1956年，由中国华侨事务委员会设立，为我国最早设立的专门从事东南亚和华侨华人研究的学术机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。我国自近代以来长期称东南亚地区为“南洋”，故研究机构就沿用该“南洋”的称谓。早期的研究重点为东南亚的华侨。70年代中期之后，研究范围不断扩大，除了华侨华人问题研究之外，还包括了对东南亚经济、政治、历史等领域的深入研究，对东南亚的社会、文化、教育、宗教和民族等领域也进行广泛的研究。1996年，该研究所扩大规模，更名为南洋研究院。数年来，南洋研究院以及校内其它研究机构的有关研究人员进行多学科的协作攻关，取得了许多高水平的研究成果，因此科学研究的整体水平在国内居领先地位，在国际学术研究的同领域也有较大的影响。
中心内设东南亚经济政治、东南亚华侨华人、东南亚国际关系、东南亚宗教历史文化等四个研究室，拥有从事东南亚经济、历史、政治、中外关系史、华侨华人问题研究、南海问题，东南亚文化宗教、华文文学研究及国际关系等领域国内一流学术带头人，培养了具有较高政治素质、突出学术成就和良好学风的中青年学术骨干队伍。中心以基础研究为主，兼顾应用研究，注重多种学科交叉与互相渗透，研究领域较宽、视野开阔。
近几年来，东南亚研究中心学科建设进展较快，科研与教学水平有所提高，产出一批科研成果，科研与教学设施进一步完善。
在学科建设方面，新增1个二级学科（国际关系）博士点和硕士点。目前，共3个二级学科（中外关系、世界经济、国际关系）博士点，3个二级学科（中外关系、世界经济、国际关系）硕士点，已逐步形成以国际经济、国际关系、中外关系等多学科和全方位的东南亚研究体系。
在科学研究方面，中心科研人员作为第一负责人承担的各类科研项目33项，其中省部级以上项目27项，项目经费284.7万元。四年期间中心科研人员共发表学术专著19部、译著2部，发表论文447篇，其中在社科核心期刊发表论文87篇，获省部级以上社会科学优秀成果奖6项。同时，为外交部、商务部、国务院侨办等各级政府部门提供了一系列的调研报告，并获得好评。
在人才培养方面，研究生教育的规模有较快的增长，2003年9月在校研究生88人，其中硕士生52人，博士生36人，在校研究生比1999年增长2.7倍；现已毕业研究生103人，其中硕士生90人，博士生13人。同时，注重研究生教育质量的提高。新开设一批质量较高的研究生课程，将部分重大科研成果应用于课程教学，不断改进教学方式与手段，促进了研究生的科研能力的提高。近四年来，中心研究生共发表学术论文30余篇，其中权威刊物和核心刊物14篇。
在队伍建设方面，中心人员30人，其中科研人员24人：教授（研究员）6人，博士生导师4人，副教授（副研究员）11人；具有博士学位的10人，占教师比重33.3%；教师中留学回国人员14人，已初步形成一支知识、学历、年龄结构较为优化的科研队伍。
在科研条件方面，建立和完善了东南亚资料信息网络系统，保持了东南亚资料收集方面在国内的领先地位。目前，厦门大学东南亚研究中心拥有国内高校中面积最大、东南亚研究领域图书种类最齐全、资料最丰富的独立资料室。经过47年的发展和积累，中心现有馆藏图书4.2万册，其中外文书籍1万册；报刊1630种，其中外文报刊880种；近一万份专题研究论文，是国内公认最好的东南亚研究资料中心之一。每名科研人员基本上均配备电子计算机，科研手段日趋现代化。
在学术交流方面，2001年研究中心举办了“21世纪初东南亚政治与经济国际研讨会”，2002年举办了“第五届东南亚华人文化与华文文学学术研讨会”、“21世纪中越关系展望国际学术研讨会”，2003年举办了“东南亚的民族关系学术研讨会”、“近代初期东南亚的海上贸易国际学术研讨会”。四年来，中心共派出学者从事学术访问、合作研究和参加国际会议达70多人次。同时，接收来中心访问的境外学者120多人次。
自2002年起，研究中心开始出版《东南亚研究中心系列丛书》，并将其作为东南亚研究的一个主要标志性成果。该系列丛书包括3种系列：（1）东南亚与华侨华人研究系列；（2）东南亚研究名著译介系列；（3）档案、资料系列。该系列丛书出版后，在国内外学术界引起较大反响。国外东南亚研究机构和学者纷纷前来征订，一些国外知名学者认为该系列丛书反映了东南亚与华侨华人研究最新的学术动态和科研成果。
厦门大学东南亚研究中心是世界华人研究学会中国分部和中国东南亚学会总部所在地，承担全国东南亚研究和华侨华人研究的学术组织和协调工作，是我国大力加速发展东南亚学和华侨华人研究的支撑点。
根据教育部关于重点基地建设标准的精神，在学校的大力支持下，“十五”期间，厦门大学东南亚研究中心将初步建设成为现代化、国际化的研究机构，进一步建立完整的东南亚学研究体系，组织具有国际竞争力、能全方位、系统研究东南亚的学术队伍，产出具有前瞻性与挑战性的新成果，形成当代世界东南亚学研究的特色，并继续扩大对外学术交流，成为国内东南亚研究领域对外学术交流的主要窗口之一。
