标记基因原本是基因工程的专属名词，但是现在它已经成为一种基本的实验工具，广泛应用于分子生物学、细胞生物学、发育生物学等方面的研究。
定义
标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上来说，它是对目的基因进行标志的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位。
举例
1、“作为重组DNA载体的重要标记”举例：大肠杆菌的某种质粒具有青霉素抗性基因（该基因可以认为是标记基因），当这种质粒与外源DNA组合在一起形成重组质粒，并被转入受体细胞后，就可以根据受体是否吸饱具有青霉素抗性来判断受体细胞是否获得了目的基因。当人们用选择培养基（比如含有青霉素的培养基），来培养受体细胞时，能够在培养基中存活下来的受体细胞就可以认为是成功的导入了外源DNA，标记基因就起作用了。
2、“作为目的基因的细胞定位工具”举例：通过将可定位检测的标记基因（只要已知其序列，既可针对设计标记探针，从而对其进行细胞定位）与目的基因进行连锁，当成功转化目的基因，该基因同时有成功表达后，既可间接对其进行定位；或者已知目的基因（该基因本身就处于某细胞中）周边序列，通过针对这些序列设计可插入标记基因，继而对该标记基因进行检测，也可间接对目的基因定位。
另一种分类：引入“选择基因”和“报告基因”的概念
选择基因和报告基因都可以看做是标记基因，都起着标记目的基因是否成功转化的作用，但是它们又有着各自的特点。
选择基因（又称选择标记基因），主要是一类编码可使抗生素或除草剂失活的蛋白酶基因，这种基因在执行其选择功能时，通常存在检测慢（蛋白酶作用需要时间）、依赖外界筛选压力（如抗生素、除草剂）等缺陷。而报告基因则是指其编码产物能够被快速测定、且不依赖于外界压力的一类基因。
理想的报告基因通常具备如下基本要求：①、受体细胞中不存在相应内源等位基因的活性；②、它的产物是唯一的，且不会损害受体细胞；③、具有快速、廉价、灵敏、定量和可重复性的检测特性。目前常用的报告基因有氯霉素乙酰转移酶基因（cat）、荧光素酶基因（luc）、β-葡萄糖苷酸酶基因（gus）等。
