福建农林大学资源与环境学院前身分别是原福建农学院的土壤农化系和原福建农业大学的土地与环境学系。原土壤农化系成立于1958年。上世纪九十年代，为适应社会经济迅速发展的需要，创办了土地管理和农业环境保护专业，于1994年更名为土地与环境学系。2001年5月福建农业大学和福建林学院合并时成立资源与环境学院。
学院现有农业资源与环境、环境工程和土地资源管理等三个本科专业，土壤学、植物营养学、土地资源管理和环境科学四个硕士授权点，并设有农业资源利用一级学科硕士授权点。与生命科学学院共建生态学博士点，主要招收环境生态学方向的博士研究生。现有农业资源与环境、国土资源和环境工程等三个系。学院实验中心下设资源环境与化学、资源环境与规划和环境工程等三个实验室，拥有原子吸收分光光度计（火焰，北京瑞利）、原子吸收分光光度计（石墨炉，美国瓦里安）、原子荧光分光光度计（北京瑞利）、气相色谱仪（安捷伦）等先进的化学分析类仪器，多光谱测量仪、全站仪、智能光谱仪、GPS静态接收机、红外光电测距仪、经纬仪、水准仪等资源调查类设备，同时拥有水污染控制模拟实验室、大气污染控制模拟实验室、地理信息系统实验室、环境监测实验室、土壤农化分析实验室和农产品分析实验室。现有资源与环境工程技术和环境科学两个研究所。
该院教师的主要研究方向包括：土壤环境化学、环境生态学、土壤侵蚀与治理、资源评价与规划、（农业和林业）植物营养与施肥、废物的农业资源化、环境微生物、环境有机污染、遥感技术在农业上的应用等。近年来该院教师承担的比较重要的科研项目有：国家自然科学基金、中央环保专项基金项目、教育部留学人员基金、教育部重点项目、国家农业综合开发办、省科技厅重点项目、省重大专项前期研究项目、世界银行红壤贷款科研项目、省农业跨越计划项目、省环保局重点项目、省水利厅、省国土厅、省烟草局、省农业厅、省地调院等单位的科研项目，同时参加加拿大国际合作暑（CIDA）的项目。研究论文分别在《European Journal of Soil Science》，《Science of the Total Environment》，《Environmental Pollution》，《Journal of Environmental Radioactivity》，《Pedosphere》，《土壤学报》，《植物营养与肥料学报》，《生态学报》，《环境科学学报》，《中国农业科学》，《水土保持学报》，《自然资源学报》等国内外重要学术学术刊物上发表。2007年该院已通过成果鉴定的项目3项，经专家鉴定分别达到国际先进和国内领先水平。该院教师作为主编或副主编或参编专著、教材十多部，有三位教师作为副主编参加农林院校十五或十一五规划教材的编写，《土壤学》和《植物营养学》课程分别于2005和2007年被评为福建省省级精品课程。
