被子植物种系发生学组（APG，AngiospermPhylogenyGroup）是一个国际植物分类学组织，这个组织试图将分子生物学原理应用到显花植物的分类中，以求得能为大多数学者所共识的分类方法。
显花植物（也被称为有花植物、雌蕊植物、被子植物、木兰植物等）是在分类过程中应用分子生物学数据最多的生物群。1981年美国植物学家阿瑟·克朗奎斯特出版了最新的被子植物分类系统，但仅仅到了1990年就受到了分子生物学最新发展大量数据的冲击，新的亲缘分支分类法澄清了许多植物种间的亲缘和进化关系，使得分类学更能清楚地反映种系发生学的研究结果。
由于研究的迅速进展，分类法也必须随之改变，所有需要应用分类法的人，包括百科全书都面临着一个新问题。被子植物种系发生学组在1998年出版了《被子植物APG分类法》，集合了全世界所有主要研究机构的最新研究成果，但由于许多领域尚未被完全了解，这个分类法也无法包括所有种类的被子植物，不可能最终确定下来。
这个分类法基本是依照植物的两个叶绿体和一个核糖体的基因编码分类的，从细胞器中筛选基因是非常重要的，动物分类主要也是依照线粒体的基因。细胞体的基因组和细胞核的基因组是分离的，叶绿体和核糖体都有自己的DNA，是一种原始的DNA，核苷酸的顺序取决于由于进化而和细胞核的DNA之间产生的差异的程度。
《被子植物APG II分类法 (修订版)》2003年出版了修订本《被子植物APG II分类法 (修订版)》，两个版本和传统分类法之间的差别主要有：
在目以上的分类没有采取传统的名称门和纲，而是应用“分支”，例如真双子叶植物分支、单子叶植物分支、蔷薇分支等。 对于传统分类不确定的分类名称，用数字标记。 提供可以选择的分类群体，例如有的科可以单列也可以合并到某一其他科、目中。叫做括号分类名。 括号分类能有效地将传统的依形态分类转换到新的依基因分类中来，由于依照基因分类有许多单基因的小科，在应用时不太方便。APG的作者曾经解释为“一般来说我们依照专家们的观点……但专家们经常倾向于划分的越细越好……”。
许多科学家们，也包括APG的成员，还在不断地出版他们自己对于被子植物分类的新观点，所以每种分类都不可能是最终结果，只是代表某一时间段内的研究结果，新的结论层出不穷。不过APG的分类法还是基本依照当代比较权威的结论。
编写《APG II植物分类系统》的主要参与者瑞典皇家科学院 瑞典乌普萨拉大学英国克优皇家植物园 美国马里兰大学 美国佛罗里达大学 美国密苏里植物园 以及世界上其他一些研究机构。
