组织简介
主角工藤新一因为看到了组织与他人的非法交易而遭下毒，身体缩小成为一个七岁男孩。他更名为江户川柯南，调查黑衣组织。这个组织的真实名称一直是一个谜，在片中往往以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称。组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定的是组织的势力遍布日本和西方国家，并且有雄厚的产业。组织的成立时间不少于半个世纪（单行本19卷 FILe9 被狙击的球 TV130 竞技场无差别胁迫事件 前篇），灰原对柯南讲：“早在半个世纪前，你就跟组织有很大关系了。”组织的颜色是黑色，所有的人都穿这个颜色的衣服。组织里的人员的代号全部是酒名。
目前出现的比较重要的组织成员包括：Gin、Sherry（灰原哀）（已背叛组织）、Vermouth（贝尔摩德，莎朗·温亚德，克莉丝·温亚德）、Vodka(伏特加)、Kir（基尔）（CIA在组织中的卧底，水无怜奈被FBI送入医院后昏迷不醒，醒来后重新回到组织里为柯南、FBI刺探情报）、Chianti（基安蒂）、Korn(科恩)、Calvados（卡尔瓦多斯）、Bourbon（波本）、IRISH（爱尔兰）（M13“漆黑的追迹者”里的组织新成员）
图中人物
科恩（Korn）※琴酒（GIN）※基尔（Kir）※卡尔瓦多斯（Calvados）
伏特加（Vodka）※贝尔摩德（Vermouth）※基安蒂（Chianti）※宫野厚司（宫野志保的父亲）
皮斯克（Pisco）※龙舌兰（Tequila）※雪莉（Sherry）※宫野明美
邵渊己一郎※原佳明※宫野艾莲娜（宫野志保的母亲）※吞口重彦
组织计划1、开发利用APTX-4869
2、委托他人开发一款用途不明系统软件
3、研发“使时间倒流，死人复生”的技术。
核心成员那位先生那位先生（あの方）
姓名:不详
性别：男
年龄：不详
简述：那位先生即组织内成员对黑衣组织首领的称呼。但他的身份一直是一个谜，即使在漫画中也从未以组织首领的身份露面或者有过一个剪影。现在已知他所“宠爱的女人”是Vermouth。此外，在425 被组织的魔掌触碰的瞬间中曾提到，他下令Vermouth协助暗杀任务。而且，组织的首领手机号码在鸟取县（TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲 ）中由于Vermouth的电话被窃听，从而得知，但因其危险性，被哀劝阻，所以柯南并没有拨打此号码。据说作者青山刚昌曾经在2006年的一次访谈中指出组织的首领其实是之前的漫画中出现的人物，并得到了大部分柯南迷的支持，且由此产生了一些猜测。
初登场：未知，存在是否已登场的疑问GIN代号：琴酒（GINジン 也译阿进）
姓名: 不详性别：男
年龄：不详
简述：琴酒是组织中最早出现的人物，Vodka的大哥，新一就是被他从背后打倒，再灌下了毒药APTX4869。他的年龄、国籍和真名都是一个谜。永远都是一身黑色长风衣，黑色的帽沿下披散的金色长发（有剧场版中是银色长发），和一张总是那样邪恶的脸。残酷无情，极度冷静，有着冷酷的眼神，右眼闪着寒光，杀过许多人也不在乎的样子，在组织里似乎有极高的地位，只要达到他的地位就可以见到“那位先生”，主要负责很危险的暗杀和重要交易。和雪莉似乎有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都只吃过一次亏（M13 柯南用灯罩【而这个灯罩是被直升机扫射时击中，掉在柯南身边的】把他乘坐的直升飞机打了下来）。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A，左撇子。貌似被贝尔摩德喜欢,但具体暧昧情节在动画版中删掉了。
劲敌: 赤井秀一、工藤新一(江户川柯南)
声优：堀之纪
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001 云霄飞车杀人事件Vermouth
代号：苦艾酒（Vermouthベルモット 也译贝尔摩德，贝尔茉）
姓名：莎朗·温亚德（Sharon Vineyard）、克莉丝·温亚德（Chris Vineyard，
是通过易容分别演出，与莎朗是母女）
年龄：看起来是30岁左右，实际年龄至少45岁
从前的职业：演员
擅长：易容、射击、变声
名言：A secret makes a woman woman。(秘密使女人更有女人味)
简述：组织重要人物之一，长得相当漂亮，头脑冷静，判断力强，是组织中相当有实力的人，地位仅次于那位先生。公开身份是美国著名女演员，是工藤有希子的好友。习惯于单独行动。深受组织“那位先生”的宠爱。曾化装成莎朗·.温亚德的女儿克莉丝·温亚德以及小兰学校的新出医生，时而复出，时而隐退，行迹与想法都无法掌握猜度，精通易容术，真实身份应该是莎隆·.温亚德，纽约事件中变装成银发杀人犯。把赤井秀一的存在视为银色子弹的危险。头脑好、枪法高明。在组织中负责收集重要的情报。她还是组织BOSS所中意的人。变装成新出老师、刺探出宫野志保（灰原哀），然后除之。好像非常痛恨宫野志保的双亲所研究的东西。可能也吃过APTX4869。二十年前杀死FBI探员朱蒂的父母，留下了一个带有指纹的眼镜，并因此而暴露身份。曾经帮过黑暗组织的一名成员皮斯克一回，一直在追查组织的叛徒雪莉，身手、智慧都堪与和琴酒媲美，大概还在其上。种种诡异的举动总是能让人感到不寒而栗，但是对柯南和小兰又极力的保护（原因是出于在先前的事件中被小兰和新一救过一次，出自于TV版 第345话 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案中对于过去的回忆，并且发现柯南就是新一，灰原哀就是宫野志保，但未告知琴酒等人），似乎有叛变组织的倾向。对新一似乎很中意，很喜爱新一。（从剧场版13中爱尔兰的话中体现）
声优：小山茉美
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会Vodka
代号：伏特加（Vodka ウォッカ）
姓名：不详
性别：男
年龄：不详
简述：琴酒的助手，也是早期登场的人物，GIN的贴身助手兼司机。新一当时便是目睹了他和不名男子的交易。Vodka长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事稍嫌不细密，全听琴酒的，尊称琴酒为「大哥」。有几次险些中了柯南的计而暴露组织的情况，幸由琴酒发现而得以弥补.
声优：立木文彦
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001云霄飞车杀人事件Sherry
代号：雪莉（Sherry シェリー）
姓名：宫野志保
化名：灰原哀
年龄：17岁（Sherry）
简述：组织科学家宫野厚司的次女。美国留学后在组织里负责开发APTX4869，是组织里的“红人”（琴酒语）。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后放弃研制作为抗议。在被组织处决前服下APTX4869自杀，却变回小孩并逃出组织。现在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南一起生活并躲避组织的追杀。曾经在一次哀悼会中被皮斯克认出，并在短暂变回宫野志保后被琴酒枪击。多亏得到柯南的帮助才得以逃出。 后来在动画345中身份暴露，被Vermouth发现。但是至今为止不为Gin等其他成员所知。
初登场：漫画：18卷之FILE.6 《转学生》 TV ：129 来自黑暗组织的女子
声优：林原惠美
其他成员代号：龙舌兰（Tequila テキーラ，死亡）
姓名：不详
简述：组织人物之一，关西口音的大汉，在一次在和满天堂公司职员交易的时候因拿错箱子在与GIN通话时被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件
声优：广田行生
代号：皮斯克（Pisco ピスコ，死亡）
姓名：枡山宪三
年龄：71岁
职业：汽车公司董事长
简述：组织人物之一，原名枡山宪三，身为汽车公司老板的他是经济界的巨子，同时也是为组织长年工作的老成员。他是宫野志保的父亲宫野厚司的好友，所以经常能听到一些开发中的药物的事情。与组织老大关系密切，封住有受贿嫌疑问题的政治家吞口重彦口的人。暗杀宫野志保失败。之后在哀悼会上举枪射杀另一组织成员吞口重彦时被在场记者拍到。因过多的失败，被琴酒所杀。
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
声优：村松康雄
代号：卡尔瓦多斯（Calvados カルバドス，死亡）
姓名：不详
简述：组织人物之一，似乎是Vermouth的助手，是个枪法很准的狙击手。所持来福枪、手枪、猎枪等各种武器。最喜欢用的是霰弹枪。头次出场带着6把枪，之后就被赤井秀一夺走了他身上的数把枪，并被打断的双腿。可是他身上仍剩余一把手枪，在赤井秀一想把他带回去作线索时自杀。在2006年的TV425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间 中，在组织成员chianti和korn的回忆中出现过一个剪影，他大约是一个戴眼镜的瘦高个子。
初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件
代号：基安蒂（Chianti キャンティ）
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，狙击上限为650yard。因为Vermouth的行动害死了卡尔瓦多斯，所以对Vermouth非常反感。
初登场：TV： 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：井上喜久子
代号：科恩（Korn コルン）
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，和基安蒂是搭档，射击能力也与她不相上下。似乎和之前死去的卡尔瓦多斯关系很好。同样反感Vermouth。
初登场：TV：425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：木下浩之
代号：未知
姓名：宫野厚司（死亡）
简述：宫野志保的父亲，科学家。在科学界以“被业界驱逐的疯狂科学家”而知名。在发表会类的活动中遇到过阿笠博士，并表示过对阿笠博士的发明的兴趣，是个相当直爽的人。在组织中与妻子一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究，在实验中因事故死亡（根据组织的报告）。在《夕阳染红
的女儿节人偶》中被小哀提到。
代号：未知
姓名：宫野艾莲娜（宫野エレーナ 死亡）
简述：宫野志保的母亲，可能是英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。虽然跟阿笠博士见过面，但因为其寡言少语，所以留下了不知道在想些什么的印象。虽然在组织中被称为地狱的坠落天使（HELL ANGEL），但把录有自己声音的录音带委托给宫野明美交给女儿志保。录音带里反映出其对女儿志保的事情非常重视的想法。性格忧郁阴沉，小哀的阴沉是她的遗传？与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，其真实身份也是个谜，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心小哀。在《金钱买不到的友情》中被阿笠博士提到。
声优：铃木弘子
代号：爱尔兰（Irish，死亡）
姓名：不详
简述：M13黑衣组织派去警视厅的内奸，Vermouth帮其易容成松本警视。因GIN杀害尊敬如父的匹斯可，在通过指纹对比得知柯南真实身份后并未告诉GIN,想抓住柯南去见那位先生，来扳倒GIN……最后为了救柯南死于基安蒂的狙击之下。
初登场：剧场版M13 漆黑的追踪者（1次）
声优：干本雄之
卧底代号：基尔（KIR キール）
姓名：本堂瑛海
化名：水无怜奈
年龄：27岁
简述：CIA特工，为破坏组织而打入内部。她的父亲伊森·本堂也是侦办组织的CIA特工，在女儿身份暴露后自杀，并伪造成审问基尔却反被她所杀的假象，使本堂瑛海躲过了组织的怀疑并得到BOSS的信任。她平时身份是日卖电视台的主持人。在一次暗杀政要的行动中因为事故被FBI当作组织成员擒获，并一直在医院伪装昏迷。直到她“苏醒”后FBI才知道她的真实身份，并且将她送回组织继续完成任务。但在刚回去不久时，在琴酒的要求下杀死了赤井秀一，打穿了秀一的肺部。而且貌似击中的秀一的头部。
初登场：TV：425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：三石琴乃
代号：黑麦威士忌（RYE ライ）（貌似死亡，死于《红与黑的碰撞》491-504）
姓名：赤井秀一（あかい しゅういちakai shuichi）
化名：诸星大
年龄：不详。推测大约为28—30
爱车：雪佛兰C-1500（黑色皮卡）
简述：FBI中厉害的搜查官，曾经在黑衣组织卧底，得到BOSS的赏识获得代号黑麦威士忌。以青山刚昌偶像红色彗星“夏亚”为原型创作的人物。宫野明美的男友，为进入组织曾接近明美，不过假戏真做陷入情网，后无奈与其分手，似与明美的妹妹志保有很深的关系。作为卧底在组织待过三年，逐渐崭露头角成为重要骨干成员，又因FBI安德鲁·卡迈尔的失误被迫逃离组织，之后回到纽约，追击VERMOUTH，与黑衣组织的几次交手都呈现较大的优势，多次从枪口下救出灰原、柯南、毛利、JUDY、JAMES等人，组织BOSS及GIN认为他是可以射穿黑组织心脏的银色子弹（SILVER BULLET），是一个头脑一级，身手一级，枪法一级的人。平时总戴黑色针织帽，和GIN同为左撇子。在漫画单行本57—58与组织会击，为保护水无怜奈的卧底身份不被泄漏壮烈牺牲。不过大多数人认为这不过是个幌子，是青山掩人耳目的一招。File.622初登场的大学生冲矢昴被怀疑可能是赤井秀一假扮的。在漫画File.677（TV563），一个及其疑似赤井的人登场，他的右脸上留有一块烧伤的疤，疑似在当时他的汽车在爆炸时被烧伤的。赤井秀一是生是死这件事恐怕就只有水无怜奈和他自己知道。具体情况还有待观察！
声优：池田秀一（玉川纱己子的丈夫）
代号：未知
姓名：伊桑·本堂（イーサン·本堂，死亡）
年龄：估计在45—50岁左右（因为他是四年前自杀的，那时水无和瑛佑才23岁和13岁，他是在三十年前加入CIA的，三年后结婚，结婚时他应该是23岁，所以四年前他自杀的年龄估计在45或46岁左右）
现状：四年前去世
身份：CIA（美国中央情报局）的间谍
亲人：本堂瑛佑（儿子）、本堂瑛海[水无怜奈]（女儿）、妻子在十年前去世，她生前在杯户町三丁目奥平角藏家做家政。
简述：第二代的日裔美国人，30年前加入CIA，成为谍报人员。一个不太爱说话的人，有时也被同事叫做坪内，石川。和同事一样穿黑衣服，本堂瑛佑小时候有一段时间常带儿子去大阪通天阁旁的御好烧吃饭，与老板很熟，被本堂瑛佑不小心按了快门拍了一张照片（尽管他讨厌拍照）。曾潜入组织，四年前被组织怀疑身份，为了保护自己的女儿（水无怜奈）而自杀。
声优：小山力也
外围成员
姓名：宫野明美（死亡）
化名：广田雅美
年龄：24-25 岁
简述：宫野志保的姐姐，黑暗组织的基层成员，赤井秀一的女朋友。和妹妹志保不同，因为是基层成员，所以可以像正常人一样生活，但其实是在组织的监控下。是为了让志保脱离组织，作为交换条件，才加入组织的。为了逃避组织的追查，自己有一间秘密住所，后被组织侦知。为了自己和妹妹能够脱离组织，参与了抢劫10亿元的案件，最后被Gin枪杀。
初登场：漫画：Vol.2 File.6 《追踪高大的男人》TV：013 奇怪的寻亲事件
（很多次出现都在回忆中）
剧场版：《通往天国的倒计时》被哀提及。
声优：玉川纱己子（池田秀一的妻子）
姓名：沼渊己一郎（被捕）
简述：组织的一员，是末端的末端的人物，制造了一系列的连环杀人案。组织教他一系列的杀人手法，以协助优秀的杀手作案。但是他达不到预期的培养效用， 就被送到宫野志保处来作实验对象。后来在作人体实验前逃跑。最后被警察逮捕，目前在监狱中服刑。
初登场：漫画：Vol.19 File.7 《钱包疑云》TV：118 浪花连续杀人事件
姓名：楠田陆道（死亡）
简述：12月19日假装颈椎扭伤入院，其实是黑衣组织的成员，
安排在杯户中央医院寻找基尔的眼线。被FBI发现而驾车逃亡，发觉追踪者是赤井秀一后举枪自杀。
初登场：漫画：Vol.57 File.10 《第2条线索》 TV：496 红与黑的碰撞 入侵
姓名：吞口重彦（死亡）
职业：政治家
简介：由于受贿而被警方调查，被Pisco杀了。
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会。
姓名：冈仓正明（死亡）
简述：组织间谍（NOC），卷入了一起杀人案被杀害。
初登场：第十三部剧场版——漆黑的追踪者（未正式登场，只是作为被害人被提到）
姓名：中岛英明
性别：男
简介：他与黑衣组织的龙舌兰进行过交易，组织用高价从他手里买了一些偷来的程序。但是龙舌兰拿错了箱子后被误炸死，这次交易没有成功。柯南忠告他最好和警方合作，争取得到警方的保护。他的后续内容没有再交代。
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件
姓名：板仓卓（死亡）
性别：男
简述：与龙舌兰接触过的电脑游戏工程师，被胁迫制作一种系统软件，卷入杀人案被害。
初登场：TV：307没有声音的证词
姓名：原佳明（死亡）
性别：男
年龄：32
简述：日本的游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑而被GIN所杀害。
初登场：通往天国的倒计时。（只1次）
姓名：不详（被捕）
性别：男
年龄：不详
简述：一个对某导演不满的网民在网上发布了对该导演的不满信息，被贝尔摩德发现后，黑衣组织对他进行骚扰（向他家里寄了很多他的个人隐私，组织的威力通过这个侧面展示出来），迫使他就范，协助组织杀人以吸引柯南的注意力，给贝尔摩德机会除掉雪莉。他的杀人手法被服部平次识破后被捕。（这个人太马虎了，居然扔掉了贝尔摩德寄信的发票，使警方失去了追捕贝尔摩德的机会）
初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件
（化装成狼人）
出场集数TV001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标
583工藤新一VS怪盗基德VS黑暗组织★漫画01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金苹果（1）
35/01 351 金苹果（2）
35/02 352 金苹果（3）
35/03 353 金苹果（4）
35/04 354 金苹果（5）
37/05 377 黑暗的足迹（1）
37/06 378 黑暗的足迹（2）
37/07 379 黑暗的足迹（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新的黑衣组织成员
49/01 501 追踪目标！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣组织vsFBI
49/04 504 黑衣组织vsFBI
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
FILE.595 乌鸦之歌
FILE.596 第二条线
FILE.597 假患者
VOL.58
FILE.598 跟踪，然后……
FILE.599 赤井的过去
FILE.600 孤注一掷
FILE.601 伪装
FILE.602 最终手段
FILE.603 任务
FILE.604 姐弟
FILE.605 意外的嫌疑人
FILE.606 13日又是星期五
FILE.607 卡迈尔的过去
FILE.608 魔法的咒语
VOL.59 FILE.609 钢楔
File.622 红白黄色
File.623 黑白人
File.624 新邻居
File.635 燃烧
File.637 噼里啪啦
File.638 纸飞机
File.639 信息
File.640 解救
File.664 一角岩
File.665 鲭鱼?鲤鱼?鲷鱼?鲆鱼
File.666 杀气
File.680 与危险的二人同行
File.691 柯南VS侦探团
File.700 危险地带
File.701 赤与13的暗示
File.702 炸弹犯的目的
File.703 暴风雪中的真相
File.704 寂静的战争电影2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2001/04/11
2009 剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者） 2009/04/18真人版2.工藤新一的复活 黑暗组织的对决
组织首脑对黑衣组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。《朝日新闻》2006年初的一篇青山刚昌访谈使第一种观点获得了较多支持。目前，就第一种观点，人们普遍认为黑组织首领会出自以下几个人物：
名侦探柯南里绝对聪明的人有哪些？黑羽盗一（已失踪）、工藤优作、本堂瑛佑（大智若愚）、冲矢昴，黑羽快斗、赤井秀一、阿笠博士、灰原哀、妃英理、Gin、贝尔摩德、毛利小五郎、服部平次！谁绝对不可能？
本堂的父亲被组织杀害，且极不熟知内情，否则不会冒冒失失的跑到医院去找他姐姐，所以本堂被排除。
快斗只是一个高中少年，似乎心理也不阴暗，成立不了那样一个恶贯满盈的组织，并且在《魔术快斗》中他是因为黑衣组织的追查才做起怪盗的（这样警察天天围着他转）。排除。
赤井目前生死不明，而生前一直是组织的大敌，组织杀害了他深爱的女友，故排除。
灰原千方百计脱离了杀害她姐姐的组织，还被迫变成小孩子，所以一样排除。
妃英理虽说很聪明，但基本上是被小五郎这个白痴衬出来的，且女人宠爱女人基本上不可能，PASS。 服部平次有一定不可能，但他的身份来历都很清楚，再说如果他是，柯南还能活到现在？
琴酒和贝尔摩德都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使，并存在着叛变组织的倾向，把柯南看作银色子弹，所以不可能。
那么还剩下谁？
工藤优作、黑羽盗一、阿笠博士、詹姆斯布莱克和毛利小五郎。最有可能的两人——工藤优作和黑羽盗一
下面分别建立他们和贝尔摩德的联系：
优作是有希子的丈夫，有希子贝尔摩德同门学艺，优作和贝尔摩德熟识也是有可能的。
在工藤新一纽约事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多教了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
组织boss的邮箱，和“七子之歌”这首歌有关。其中的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。柯南是在“奇异屋宇的大冒险”这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
在漫画《魔术快斗》的第一集当中，黑羽快斗在17岁的时候发现了父亲的密室,知道了父亲的秘密.而这里面有一个明显的问题，盗一是被人杀死的，那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带？难道盗一未卜先知，知道自己会被人杀了，所以提前做好准备？
还有就是盗一化身基德的服装也是黑色的，与黑衣组织的统一黑色服装一个颜色！！！
基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣著称，可却唯独放过了快斗。本该死了八年的人，再度复活，粉丝把街道都围的水泄不通了，组织居然无动于衷，让人费解。
怪盗基德被称之为“平成时代的亚森罗平”。亚森罗平是莫理斯·卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》这本书中， 他的父亲泰奥弗拉斯特·罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。
不过盗一是另一部漫画中的主要人物，将自己创作的别部漫画中的人物来作为大作《名侦探柯南》中的最终BOSS，总觉得不大合乎常理，不过也不排除“借尸还魂”的可能，众所周知，《魔术快斗》首次刊登是在昭和62年SUNDAY26期上，自那以后在SUNDAY本刊或增刊上时有刊登，是不定期连载作品。直到2009年6月的现在还是未完成作品。且未曾发行过TV动画。正因如此，也可以清楚的看出青山老师的画风变化。而《名侦探柯南》中大量引入怪盗基德、黑羽盗一、中森银三、白马探等角色，似乎有将两部作品同化之嫌，怪盗基德的生日与青山刚昌的同属一天，更看出青山对《魔术快斗》难以割舍的感情，所以盗一作为最终BOSS可能性最大，尽管这样可能会使纯柯迷们大为不满。
作为黑羽盗一的朋友的工藤优作，推理能力如此之高。却在盗一死后八年，仍然没有找出盗一死亡的真相，而且他好像似乎根本不在乎这个人了，难道另有隐情？
工藤优作具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公相似命名的“暗夜男爵”病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？另外，灰原哀的那句话，“你（新一）早在半个世纪前就在组织的计划中了”也让人颇费思量。半个世纪前，新一肯定没出生，那就只能证明组织和工藤优作有着某种联系。（半个世纪就是50年，优作才39～45岁，50年前也没有他吧？）唯一的问题是，如果真是这样，为什么gin又要灌他儿子的毒药呢？
值得一提的是，在青山刚昌的短篇作品.《徘徊的红蝴蝶》中，出现了非同寻常的优作：出场时驾着爱车驰骋而来，酷似GIN的洒脱的用点烟器点烟的姿势，一身黑色装扮，黑色的帽沿下的遮住额前的头发，头发下那张令人永远捉摸不透的英俊的脸。冷酷的表情，极度冷静，有着冷酷而不失睿智的眼神，右眼闪着光．．．真是神似！至于年龄，难道不可以像苦艾酒那样完美的隐瞒起来吗？重要的是，组织的使命就是研制那种神秘的“长生不老药”。当然，也不排除创作《徘徊的红蝴蝶》时，作者并未想到这样的装扮会被观众怀疑为BOSS的可能，因为那毕竟是早期的短篇。其他可疑人物
阿笠博士
这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直“没发明什么有用东西”（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是“那位先生”。组织boss的邮箱，和“七个孩子”这首歌有关。当柯南说要给boss发信息时，博士很恐惧，这很令人怀疑。
还有在黑暗的冲击里，当柯南说要追踪GIN的时候博士在冷笑。博士为什么会无缘无故冷笑呢？这也是个问题。
并且阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝——福尔摩斯里的罪恶的教授。..
不过剧场版10里博士在炸弹爆炸之前一定要跟孩子们在一起，这点说明他是组织boss可能性很低，但是不排除。
另外，阿笠博士在TV311集中新一彻夜未归内心发出担忧，如果不是真心动画也无需刻画。
毛利小五郎
也有人相信毛利小五郎才是黑衣组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。
其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令枪杀毛利小五郎。见过“那位先生”本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……
詹姆斯.布莱克
作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词“黑”（全名James Black 詹姆士·布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想，但是从詹姆斯对于小时候朱蒂的态度来看，似乎又说不太通，而且后来他被赤井秀一接回车里去的时候也证明了他是FBI，难道黑衣组织老大在FBI，还要指挥FBI打自己的组织吗？
在日本拥有很大权利的人
每次黑衣组织犯案，为什么警察不知道或者没有制止呢？这说明在黑衣组织背后拥有很大权利的人。而美国政府或者FBI的人却知道，并且深入内部调查，如果黑衣组织背后的人没有很大权利，美国是不会理睬这件事的。
柯南中谁会是这么一个人呢？
几个怀疑对象：
远山刑警（远山和叶的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师，可能与盗一有关）、白鸟任三郎（可能不大，因为他的初登场是在剧场版，而柯南原作者青山刚昌是不过问剧场版的剧情的，也就是说一开始青山刚昌就没想设计这个人物，他是后来随着剧情发展才跻身到配角的）、乌丸莲耶或其后人。
剧情主线整理/总结GIN&VODKA初次登场，让新一一夜之间缩小变成了柯南,住进了小兰家里。
《奇怪的寻亲杀人事件》宫野明美第一次也是最后一次正面出场。柯南对组织有了初步认识。
兰第一次怀疑柯南的身份，阿笠博士帮忙解围。
GIN&VODKA再次登场，柯南知道了二人的代号。
新一再次登场！就此知道了感冒+白干能使他恢复原状，不过时间不长。
龙舌兰登场，旋即被炸死。原来组织在寻找程序设计员。
小兰再一次怀疑柯南身份，这次是有希子帮的忙。
（基德闪亮登场。究竟基德在柯南里只是客串还是最终会和主线联系上还是未知数。）
灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869。药的资料却由于病毒“暗夜公爵”灰飞烟灭了。
从灰原那里得知了组织的计划始于半个世纪前，但究竟是什么不得而知了。“人是不能违逆时光洪流的”，这句话在后面还会出现。
新出医生登场，谁也不会想到，一场看似普通的谋杀案竟然会为近二十卷之后才出现的情节埋下伏笔。
峰回路转，高潮迭起的《与黑衣组织的再次重逢》！灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。
兰再一次怀疑柯南的身份，这一次的情节被很多柯迷奉为经典。
朱蒂老师登场，身份可疑的外国女人。
在人鱼岛上发现了宫野志保的签名，究竟有何隐情？
Vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只会变得更黑”。茱蒂，新出同时出现在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐惧。赤井秀一第一次登场。
熊猫车事件，Mr Black登场。灰原在与赤井擦肩而过的瞬间竟然露出了恐惧。
赤井出现在了佐藤相亲的地方，继而又在监视侦探事务所，究竟有何目的？茱蒂老师提到“FBI”。
Vermouth的箭靶上贴上了柯南，兰，灰原的照片。柯南和平次去拜访茱蒂老师，可是神秘的女人还真不容易参透。
金苹果事件隆重登场！时间回到一年前，当时的赤井还是一头长发。沙朗登场，她和有希子曾经同门学过易容。新一和兰救了杀人魔，一处精心准备的伏笔。
白色的雪，黑暗的影子，黑衣组织再度出场，这次他们的目标是程序设计师板仓。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。板仓的日记里内容丰富，有“态度高傲讨厌猫的女王”，还有“我们要违逆时光的洪流，让死人复活”。组织的目的起始浮出水面。
可疑的人物的活动更加频繁了，看不见的包围圈正一步一步缩小，于是灰原又感冒了。明美在人们的回忆里再度登场，留给了妹妹几盘录音带，可是内容只有灰原知道了（尤其是最后使哀吃惊的留言）。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而来。
满月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭开了很多的谜题，许多人物的身份水落石出，但是又提出了新的悬疑。vermouth的手机按键音成了日后剧情发展的新线索。
原来那个手机按键音是《七个孩子》的开头音乐。
与黑衣组织魔掌碰触的瞬间，组织的成员Kir,Chianti,Korn登场。本堂英佑登场，在以后的发展中，他和水无怜奈成为了主要线索。
血型疑案自此而始。
（有一集铃木大爷说“他（基德）很喜欢大宝石”）
