南京大学医学院附属医院又名南京市鼓楼医院，前身是1892年由美国基督教会资助的加拿大籍传教士威廉·爱德华·麦克林医学博士（William E. Macklin，中文译音“马林”）创办的一所“基督医院”，马林任首任院长，民间又称“马林医院”。
医院历经清朝、民国，由当时50张病床，百余名员工，发展到现在已有编制床位1460张，2700余名职工，集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院。2008年门急诊病人183万余人次，出院病人5万人次。
医院科室设置齐全，技术力量雄厚。现有临床科室32个，医技科室、研究所、实验室32个。普外科是国家重点学科共建单位，肝胆外科、骨科是江苏省临床医学中心。妇产学科为江苏省“科技兴卫工程”重点学科。脊柱畸形矫治、肝移植、生殖医学等技术处于国内领先水平。肝胆外科、骨科、血管外科、妇产科、泌尿外科、呼吸科、消化科、免疫科、内分泌科、心脏科、血液科、心胸外科、急诊医学科、麻醉科、肿瘤科、中医科、骨关节病科、神经内科、肾内科、老年医学科、耳鼻咽喉科、神经外科、烧伤整形科、检验科、放射科、药剂科、病理科等为省市医学重点专科。医院2006年被国家人事部批准设立“博士后科研流动工作站”，目前有博士培养点17个、硕士培养点27个。医院被卫生部批准为专科医师、临床药师培训基地，江苏省首家外科基本技能培训基地。
医院诊疗设备先进。拥有PT-CT、ECT、16排CT、DSA、超声内镜系统、重症监护系统、PACS影像存储系统和符合国际标准的百级净化手术室等一大批国际先进设备，为临床及时诊断、疾病治疗提供了硬件保证。
医院悠久的历史，积淀着深厚的文化底蕴。鼓医人以求索、创新为基调、以优质服务为音符、以病人满意为主旋律，不断创造中国医学史上一个个第一，谱写着一曲曲现代医学神奇乐章！医院先后被中央文明委、江苏省及南京市表彰为“全国创建文明行业工作先进集体”、“文明单位”；被国家卫生部授予“全国卫生系统先进单位”、“全国医院文化工作先进单位”等称号。
