自克隆羊诞生之后，科学家就一直希望能利用这种技术克隆出已经濒临灭绝的哺乳动物，比如白鳍豚和被称为动物活化石的大熊猫。但是用克隆技术挽救濒危动物面临着很多难题。
首先，现有的克隆技术往往需要很多该动物的卵细胞，而与之相矛盾的是，越是稀有的动物，其卵细胞也就难以得到。多莉就有3个妈妈：一个提供乳腺细胞，一个提供未受精卵，一个负责将胚胎“抚养”成小羊羔。虽然美国已经在异种克隆方面做了很多工作，但是，无法从初期实验的顺利进展中推断是否能最终获得圆满的结果，迄今为止还未成功通过这种方法复制动物。即使复制成功，由于采用的是不同种动物的卵细胞，克隆出的动物是否会与原动物有所不同，也有待于实验结果的进一步证实。
其次，濒危动物不仅仅数量少，其濒临灭绝的主要原因是其生殖方面存在的问题，而生殖问题又是克隆技术能否成功的关键。大熊猫数量稀少，目前对其繁殖过程还存在许多解不开的谜团，例如受精卵在大熊猫子宫中需要多长时间才能着床，目前人类还无法通过试验来获得这些数据。再比如白鳍豚，不仅数量比大熊猫还少，而且还是水生生物；而将胚胎植入子宫中的技术难度是陆生动物所不可比拟的。
再者，克隆还会导致濒危物的遗传多样性下降，可能使其走向灭绝。
据1998年8月25日《参考消息》报道：日本所克隆的10头牛已经死亡5只，这说明无性克隆技术还有待于进一步完善。在克隆技术还不太成熟的今天，只能认为克隆技术是保护濒危动物的有效手段之一，但指望克隆技术能使濒危动物彻底摆脱困境却是不现实的，从理论上看也是不可能的。濒危动物保护工作依然任重而道远。
