起源阿尔巴津人的祖先哥萨克人是俄罗斯人里一个比较特殊的群体，主要是俄罗斯裔和乌克兰裔里面崇尚自由，反抗沙皇统治而到顿河附近定居的农民。俄罗斯沙皇收买了哥萨克人的统治阶级和贵族，利用哥萨克人占领了西伯利亚，并且到达到黑龙江和太平洋沿岸。他们是沙俄帝国开拓疆域的主要力量，在东欧，中亚和东北亚都有他们的分布。中国境内的阿尔巴津人的祖先是沙俄开拓西伯利亚之后聚居在黑龙江沿岸阿尔巴津港口的哥萨克人。
事件15世纪中期，沙俄加强了在外兴安岭和黑龙江流域的军事和宗教活动，一方面移民俄罗斯人到此定居，一方面迫使很多当地民族放弃萨满教，转信东正教，并且归顺和效忠沙皇。一些通古斯民族和蒙古部落向沙俄靠近后引起了清朝皇帝对边防的担忧。1685年，清康熙帝在阿尔巴津打败沙俄后让50个当地哥萨克人（包括塔塔尔人）随军回到北京。 他们被编入镶黄旗，驻守北京东直门。康熙皇帝并允许他们把一所关帝庙改为东正教堂。
风俗俄罗斯姓Yakovlev, Dubinin 和 Romanov 分别改为了汉人的姚，杜和罗姓。这些哥萨克人被允许与当地被杀头的罪犯所留下的寡妇结婚。他们的后裔与当地中国人结婚，尽管他们已经不再说俄语，但是他们的东正教信仰得以保存。俄罗斯东正教会从1713年开始给北京派送东正教北京传道团。后期到中国的俄罗斯人发现，尽管保持了他们的信仰，阿尔巴津人逐渐不再有俄罗斯人的体貌特征。到十九世纪末，估计有1000位阿尔巴津人居住在北京。
义和团事件中，很多外国人和中国基督教教徒被害。俄罗斯东正教会声称当中有222位阿尔巴津人被杀害。文化大革命开始后，有几个阿尔巴津人家庭移居前苏联，但是绝大部分选择留在了中国。
