北京大学港澳研究中心成立于1994年，是一个跨学科、跨院系所的科研机构，其宗旨是，通过对港澳问题的深入研究，促进北大的学科建设，推动与港澳地区的学术交流，为决策部门提供参考性政策建议，为发展内地与港澳地区的经贸、文化交流提供咨询和人员培训服务等。中心成立以来，一直由北京大学主管文科的副校长兼主任，中心设有常务副主任、副主任和秘书长。现任主任由张国有副校长兼任、常务副主任是徐雅民教授，秘书长是潘庆德。中心挂靠在北京大学亚太研究院，现有研究人员10余名，主要来自于马克思主义学院、社会发展研究所、经济学院、法学院、国际关系学院、历史系、哲学系和图书馆等。中心聘请了多名来自港澳地区和内地的知名人士和著名学者为顾问教授及兼职研究员。
十多年来，中心出版了多部研究港澳问题的学术专著，发表了上百篇论文，举办过多次学术研讨会和多期研修班，与港澳地区的学术机构及高校建立了广泛的合作关系。另外，中心还配合学校港澳台办接待大量来访的港澳学者和政界、企业界人士。
